还是vmd厉害，照着sob的gromacs讲义研究了半天，终于用vmd+tcl搞定了。

set resl [[atomselect top "all"] get residue]
set numres [lindex [lsort -integer -unique $resl] end]
for {set i 0} { $i <= $numres } { incr i } { [atomselect top "residue $i"] set resid [expr $i+1] }
[atomselect top "all"] writepdb result.pdb
后续问题：
vmd应该是根据原子连接来确定residue或者fragment的。这种连接是写在pdb或者是top文件里面。
如果是一个xyz文件vmd会根据默认的cutoff来连接键。
问题就是在某些特定的情况下需要修改原子连接（根据距离或者其它判据）来划分不同的fragment
这个功能在vmd中能否通过非手动的方式实现？

teller3531 发表于 2017-2-15 08:53
你没打开pdb文件看看，是不是一个分子还是两个分子
packmol建的模型能装多个分子，不会成一个整体，但是导 ...

pdb中有一列是残基序号，如果是packmol建模，每个分子会分配一个不同的残基序号。
如果是是ms中的一个超胞保存成的pdb，所有的分子都是同一个残基序号。这样就不能区分不同的分子。
因此，如果想以一个晶体结构作为初始结构跑动力学的话，建模就会存在无法分割片段的问题

你没打开pdb文件看看，是不是一个分子还是两个分子
packmol建的模型能装多个分子，不会成一个整体，但是导入到MS中看起来是一个分子，导出的pdb文件中能看出来原子属于哪个分子。