Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-16 21:28 没特殊情况一律甭用CGenFF就完了，一律用sobtop产生GAFF/GAFF2拓扑文件 至于什么时候也不该用sobtop产生拓扑文件，前两天我给sobtop主页上加了一个FAQ：http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20 |
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本帖最后由 student0618 于 2024-12-16 22:12 编辑 真要用charmm+cgenff 的话新版本cgenff网站可一键convert to gromacs，下载unzip 后要用的是xxx_gmx.top xxx_gmx.pdb 以及charmm36.ff文件夹内的xxx_ffbonded.itp，修改一下即可使用。 更简单就是用那个从cgenff下载的包里面版本老一点的chamm.ff 处理蛋白，再改一下xxx_gmx.top include 到体系的top吧。 不过这些都不如用Amber+GAFF (gmx 配合sobtop) 省事。我若非要特别原因用charmm都情愿直接用Amber/GAFF的。 |
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-12-16 21:51 编辑 sobereva 发表于 2024-12-16 02:50 社长，鉴于楼主这样试图用CGenFF却缺失文件的问题多发，我提议在博文http://sobereva.com/266里讲清楚什么文件才是生成拓扑绝对必要的 |
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GROMACS标准的使用过程中既不牵扯到叫str的东西也不牵扯到叫prm的东西，你去搜GROMACS官方手册也搜不到这种文件。如果某些教程作者自己发明了这些偏门的东西令你搞不明白，且你若非要看这种教程，应当去发邮件问教程作者，其他GROMACS用户没法回答你。极其完整、详细、系统讲授分子动力学模拟知识和GROMACS使用的“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”（http://www.keinsci.com/KGMX）里也从未牵扯到这种脚本和文件，而且根本就不需要非得用。sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生配体的拓扑文件是最佳选择，又普适又方便又极为流行，本论坛里有大量讨论，在本论坛提问时也有人能回答。 我强烈不建议初学者follow某些教程用的一些偏门、绕弯路或是过时的做法去算常规问题（而且很多教程本身也说得不明不白），明明目前有好得多、主流得多的方法。对各种常见问题怎么最好、最顺利地模拟在上述培训里都有充分讲授。 |
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本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-12-16 21:36 编辑 是哪个教程说的用GROMACS做分子动力学模拟需要“将配体str文件转成prm文件”？看社长这条评论。 编辑：这帖没有达到预期目的，楼主没回答所看教程的名称而是又在上面链接的楼层中问了一遍。 |
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