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使用VMD对轨迹（DCD文件）进行RMSD分析的图像问题

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yolo-bike

发布时间: 2024-12-16 11:52

正文摘要:

本帖最后由 yolo-bike 于 2024-12-17 09:40 编辑 ~使用VMD的RMSD Trajectory Tool生成的图像（Frames为40）具体操作： 1、加载dcd,psf 2、Ectensions-Analysis-RMSD Trajectory Tool 3、输入protein 勾选noh ...

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yolo-bike 发表于 Post on 2024-12-17 09:40:57

sobereva 发表于 2024-12-17 05:20
trajectory叫轨迹不叫弹道

认真看下文，把信息交代全面，否则没人能准确回答

多谢卢老师提醒，已修改。

sobereva 发表于 Post on 2024-12-17 05:20:16

trajectory叫轨迹不叫弹道

认真看下文，把信息交代全面，否则没人能准确回答
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

不同体系的RMSD曲线没有可比性

abing 发表于 Post on 2024-12-16 17:00:35

可能是帧数太少了，一帧的时间间隔通常只有几飞秒，文献中显示计算都有几纳秒时间，延长计算时间应该可以实现这个

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