计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 请教下这种分子表面图是怎么画的？

请教下这种分子表面图是怎么画的？

查看数: 684 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

Kikyou

发布时间: 2024-12-20 20:33

正文摘要:

如图，请教一下各位老师，这种分子可视化图用的是哪个等值面啊，以及用什么软件可以实现这种效果呢？谢谢各位老师！

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-12-21 04:16:03

注意表面图没有唯一的定义方式。楼上提及的都可以画。如果是获得平滑的范德华表面，较严格、常用的定义方式是计算电子密度0.001 a.u.等值面，可以用Multiwfn载入xyz、pdb等结构文件，用主功能5计算准分子密度（promolecular density）的格点数据，导出cube文件，在VMD等程序里显示出等值面。

student0618 发表于 Post on 2024-12-20 22:41:14

就普通预设molecular surface吧。

主流可视化软件都可以。
VMD representation 选quick surf/surf 等
UCSF ChimeraX/Chimera 直接显示surface
PyMOL S -> surface

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register