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能量最小化总是在第19步停止

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milk_q

发布时间: 2024-12-24 10:21

正文摘要:

2、GFN2-xTB几何优化，xtb PPP8-Dex2.xyz --gfn 2 --opt --chrg 0 --uhf 0 --ohess --wfn 3、Multiwfn计算RESP，sobtop生成力场参数基于GAFF 4、搭建盒子，插入药物，填充水,执行最小化 gmx editconf -bt cu ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-12-24 14:41:05

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

snljty2 发表于 Post on 2024-12-24 11:03:46

停就停呗，动力学能跑起来没有问题就行。如果还要更彻底的能量极小化，得换重新编译的双精度版本Gromacs。

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