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gmx报错提示larger than the cut-off distance

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发布时间: 2024-12-24 17:30

正文摘要:

各位老师好,我在使用这篇帖子中的windows版gmx时http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&highlight=windows,出现了如下报错,请问可能是什么原因导致的呢?应如何修改拓扑文件和mdp文件呢?输入文件如下

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NGC626 发表于 Post on 2024-12-27 20:59:09
本帖最后由 NGC626 于 2024-12-27 21:01 编辑

重新构建盒子解决了此问题。因为我之前是先把一个5*5*5的甲苯盒子跑了平衡,再用solvate重新插入到一个4*4*11的新盒子里,插入的时候有一些甲苯分子放在了盒子外面,之后我重新跑了一个5*5*20的甲苯盒子,然后再放进4*4*11的盒子里,就没啥问题了。

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