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对蛋白结构单体进行了100ns的模拟，请问如何通过分析rmsd选取弛豫的结构？

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YuniJ

发布时间: 2024-12-24 22:14

正文摘要:

如题所示，我们对蛋白结构单体进行了100ns的模拟，想要选择构象稳定的一帧，请问各位老师如何通过分析rmsd选取弛豫、平衡的结构？

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-12-25 10:49:45

YuniJ 发表于 2024-12-25 09:41
谢谢老师，请问该如何做簇分析考察是否有代表性结构呢？我们选择的结构是新冠的rbd结构，会不会100ns过于 ...

以目前的计算能力，100ns根本没多长
了解点簇分析常识自然就知道了，搜公社论坛首页google框。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里讲“气相分子、分子团簇与纳米液滴的模拟”的部分很详细讲了簇分析怎么做以及原理

YuniJ 发表于 Post on 2024-12-25 09:41:52

sobereva 发表于 2024-12-25 07:48
光摆出RMSD曲线没意义，始终要结合具体结构说事
有可能体系本来就是在不同构象之间频繁变化的，做簇分析考 ...

谢谢老师，请问该如何做簇分析考察是否有代表性结构呢？我们选择的结构是新冠的rbd结构，会不会100ns过于长呢？

sobereva 发表于 Post on 2024-12-25 07:48:35

光摆出RMSD曲线没意义，始终要结合具体结构说事
有可能体系本来就是在不同构象之间频繁变化的，做簇分析考察有代表性结构

并且参考下文
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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