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ORCA运行问题

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化学势

发布时间: 2017-2-16 23:36

正文摘要:

刚刚在ORCA官网上下载了3.0.3版本，传到服务器上解压。服务器上已经有了openmpi 1.6.5。于是写了h2o.pbs脚本和输入文件(h2o.xyz、h2o.inp)试试能不能用(见附件) qsub h2o.pbs出现了如下的错误： orca_gtoint_ ...

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wanlichuan 发表于 Post on 2020-12-14 15:29:44

本帖最后由 wanlichuan 于 2020-12-14 16:57 编辑

@化学势请教楼主解决了这个问题没有? 我也遇到了同样的问题，用上面的各种办法都解决不了。以前在相同的操作系统（ubuntu18.04）下用相同的方法安装过很多次ORCA4.2，都没问题。唯独这次在一台新电脑上安装遇到了这个问题。很奇怪。注：库文件是有的，环境变量也写对了，串行计算没问题。在计算化学公社论坛上搜了不少类似的提问，仍然没办法解决。

plus 发表于 Post on 2017-2-17 22:41:50

化学势发表于 2017-2-17 21:01
我试了将其写入脚本里

但是还是相同的错误。

1.脚本里在运行orca那一行前面输出环境变量检查一下
echo $PATH
echo $LD_LIBRARY_PATH

2.不用脚本提交，进入空的分节点，设置环境变量，直接运行程序，不需要建临时目录
export PATH=xxxxx
export LD_LIBRARY_PATH=xxxx
/xxx/xxxx/orca h2.o.inp >h2o.out

看看是否还有缺少库的错误

冰释之川 发表于 Post on 2017-2-17 09:02:51

本帖最后由冰释之川于 2017-2-17 09:55 编辑

以前也碰到过这个问题，我是把环境变量写进任务提交脚本里后就没问题了。

还有就是楼上所说的，检查你这两个环境变量路径下是否有提示缺失的库文件。

类似的问题解决方案参见http://stackoverflow.com/questions/14769599/mpi-error-loading-shared-libraries

值得注意的是，如果你写进.bashrc文件里，有没有source一下激活设置呢？

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plus 发表于 Post on 2017-2-17 08:47:05

export PATH=/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
这个目录/public/software/mpi/openmpi/1.6.5/gnu/lib，里面有你的库文件吗？

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