模拟过程中分子键断开模拟崩溃

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发布时间: 2024-12-26 20:25

使用ATB生成了itp文件然后采用packmol建模，在能量最小化过后发现其中分子键断开，并且能量最小化log文件显示如下：分子键断开：

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sobereva 发表于 Post on 2024-12-27 20:48:33

zhangfaxue 发表于 2024-12-27 15:39
老师，使用了Sobtop生成itp文件后进行能量最小化依旧出现maximum force很大的情况，重复做了一次然后NPT ...

贴图方式不对，仔细看置顶的社员必读贴

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8该说的都说了

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-12-27 15:39:29

sobereva 发表于 2024-12-26 23:21
我没时间具体看文件，这种事无外乎拓扑文件有毛病，或者拓扑文件和结构文件不对应
对于前者的情况，改用ht ...

老师，使用了Sobtop生成itp文件后进行能量最小化依旧出现maximum force很大的情况，重复做了一次然后NPT过程模拟崩溃。但是这次没有断键现象。这还能怎么处理呢？尝试了很多方法都没解决

sobereva 发表于 Post on 2024-12-26 23:21:48

我没时间具体看文件，这种事无外乎拓扑文件有毛病，或者拓扑文件和结构文件不对应
对于前者的情况，改用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生拓扑文件；对于后者，自己改原子/分子顺序

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