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求助,如何计算严重变形后的细胞膜表面积

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发布时间: 2024-12-27 14:42

正文摘要:

如图所示,我在模拟时通过施加外部压力使膜产生了如下变形,使用的是NVE,请问各位老师在这种情况下如何计算这个膜的表面积呢。。

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sobereva 发表于 Post on 2024-12-27 20:10:09
gmx sasa或者VMD都可以对特定的部分计算溶剂可及表面积(SASA),形状不限。结果除以2可当做膜面积(但我不确信对周期边界处是怎么考虑的,可以测试,如果发现没考虑周期性,可以把变形时的SASA相对于非变形时的SASA的差值加到非变形时的XY面积上作为变形时的膜面积)

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