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求助:过渡金属配合物TDDFT计算出现异常,stable=opt后guess=read计算多重态难以判断

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发布时间: 2024-12-28 14:12

正文摘要:

各位老师好!我最近在计算一例Pd(II)配合物的激发态时遇到了问题,想请各位老师帮忙看一看问题在哪,万分感谢! 分子结构是这样的: 由于这个分子在实验中表现出了光催化的活性,所以我想计算其S1和T1的垂直激 ...

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SkyHou 发表于 Post on 2024-12-28 20:26:10
hebrewsnabla 发表于 2024-12-28 18:09
抱歉,我仔细推了一下,基态为双自由基的三重态激发态S^2也是可以小于2的,并且与对应的单重态激发态差不 ...

那这样的话<S^2>小于2也不太能认为是单重态激发态的吗?
hebrewsnabla 发表于 Post on 2024-12-28 18:09:56
SkyHou 发表于 2024-12-28 16:10
谢谢老师的建议!老师您的意思是:对于小于2的态,我可以认为它是单重态激发态的垂直激发能吗?那这个数 ...

抱歉,我仔细推了一下,基态为双自由基的三重态激发态S^2也是可以小于2的,并且与对应的单重态激发态差不多。所以并不能用是否小于2来判断。
SkyHou 发表于 Post on 2024-12-28 16:51:31
hebrewsnabla 发表于 2024-12-28 16:26
我觉得是可以的。如果用(MR)SF-TDDFT的话,的偏离通常会更少,激发能也更准。

好的明白了!谢谢老师!
hebrewsnabla 发表于 Post on 2024-12-28 16:26:23
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2024-12-28 16:27 编辑
SkyHou 发表于 2024-12-28 16:10
谢谢老师的建议!老师您的意思是:对于小于2的态,我可以认为它是单重态激发态的垂直激发能吗?那这个数 ...

我觉得是可以的。如果用(MR)SF-TDDFT的话,<S^2>的偏离通常会更少,激发能也更准。
SkyHou 发表于 Post on 2024-12-28 16:26:11
zjxitcc 发表于 2024-12-28 16:19
除少数结构奇特的体系(比如一个分子里明显少了2个氢原子,烷烃砍掉2个氢原子;历史上被详细研究过的体系 ...

我明白了!太谢谢老师了!耽误您的时间解答我的疑惑真是辛苦您了!
zjxitcc 发表于 Post on 2024-12-28 16:19:30
SkyHou 发表于 2024-12-28 16:14
好的好的!我想请教一下老师,在计算前通过分子结构可以判断出它是闭壳层还是开壳层单重态吗?

除少数结构奇特的体系(比如一个分子里明显少了2个氢原子,烷烃砍掉2个氢原子;历史上被详细研究过的体系,例如O2的最低单重态),一般无法仅凭肉眼预测体系的双自由基特征强弱。
SkyHou 发表于 Post on 2024-12-28 16:17:49
zjxitcc 发表于 2024-12-28 16:10
您对输出文件存在错误解读,单重态理想值为0,而你这个任务算出来是= 1.0110,说明偏离程度很大,体系基 ...

对不起老师!是我学艺不精,我看到输出文件中写着:
  1. S**2 before annihilation     1.0110,   after     0.0884
复制代码

我误以为0.0884才是它处理出的<S^2>值,是我的错误!但我对这个物质进行了EPR实验,发现它基态并没有EPR信号,说明其基态应当不是多重态。那这样的计算结果是说明物质很可能是开壳层单重态了吗?谢谢老师!
SkyHou 发表于 Post on 2024-12-28 16:14:58
zjxitcc 发表于 2024-12-28 16:06
无法解决,这是U-TDDFT方法的理论局限性,无法通过“我加一两个fancy的关键词”解决。基态是开壳层单重态时 ...

好的好的!我想请教一下老师,在计算前通过分子结构可以判断出它是闭壳层还是开壳层单重态吗?
SkyHou 发表于 Post on 2024-12-28 16:10:50
hebrewsnabla 发表于 2024-12-28 14:34
小于 2的是有自旋污染的单重态。

谢谢老师的建议!老师您的意思是:对于<S^2>小于2的态,我可以认为它是单重态激发态的垂直激发能吗?那这个数据有可信度吗?
zjxitcc 发表于 Post on 2024-12-28 16:10:10
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-12-28 16:16 编辑
SkyHou 发表于 2024-12-28 16:06
感谢sob老师的建议!我去stable=opt的输出文件中找了一下,发现原文是这样的:
的值确实很接近0,应该是 ...

您对输出文件存在错误解读,单重态<S^2>理想值为0,而你这个任务算出来是<S**2>= 1.0110,说明偏离程度很大,体系基态可能存在中等或较强双自由基特征(具体还需结合UNO轨道占据数下定论)。注意,一个out/log文件中可能出现多次<S^2>值,要看最后一次出现的<S^2>,那才是最后一帧结构的 经过稳定性检测的 稳定波函数。

Mulliken charges and spin densities with hydrogens summed into heavy atoms其下第二列数据叫自旋布居,不叫自旋密度,请勿被很多不严谨的文章和人误导。当然,也存在自旋密度一词,那是三维空间中每个位置的未成对电子 的分布。二者均可用于判断体系未成对电子情况。但如果仅仅是判断 是否为开壳层单重态,看<S^2>足矣,不需要看其他量。要分清每个量的用途。
zjxitcc 发表于 Post on 2024-12-28 16:06:49
无法解决,这是U-TDDFT方法的理论局限性,无法通过“我加一两个fancy的关键词”解决。基态是开壳层单重态时,<S^2>大于0,不是单重态纯态;基于此UHF/UKS波函数做TDDFT计算,每个激发态都有自旋污染,偏离理想值,往往无法分辨激发态所属自旋多重度。同时TD()括号中写singlet/triplet均没用;这也不是某个软件的局限,任何有U-TDDFT方法的软件都有这个问题。这在本论坛上过往“负激发能”的帖子中一般都会顺带提及。解决办法一句话总结:使用更严谨的理论方法,例如MRSF-TDDFT方法(注意,不要使用SF-TDDFT方法),SA-SF-DFT方法,CASSCF-NEVPT2方法等等。
SkyHou 发表于 Post on 2024-12-28 16:06:34
本帖最后由 SkyHou 于 2024-12-28 16:08 编辑
sobereva 发表于 2024-12-28 14:34
你先看看stable=opt之后波函数变成了什么状态,自旋密度和如何。当前肯定已经不是闭壳层单重态了

感谢sob老师的建议!我去stable=opt的输出文件中找了一下,发现原文是这样的:
  1. SCF Done:  E(UPBE1PBE) =  -3093.04733978     a.u. after    7 cycles
  2.             Convg  =    0.3154D-07                    73 Fock formations.
  3.               S**2 =  1.0110                  -V/T =  2.0643
  4. <Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.0000 <S**2>= 1.0110 S= 0.6229
  5. <L.S>= 0.000000000000E+00
  6. Annihilation of the first spin contaminant:
  7. S**2 before annihilation     1.0110,   after     0.0884
  8. Leave Link  508 at Sat Dec 14 21:46:49 2024, MaxMem=  4294967296 cpu:           11368.0 elap:           11368.6
复制代码
<S^2>的值确实很接近0,应该是单重态?
各个原子的自旋密度是这样的:
  1. Mulliken charges and spin densities with hydrogens summed into heavy atoms:
  2.                1          2
  3.      1  Pd   0.195619  -0.072914
  4.      2  I   -0.378884  -0.025316
  5.      3  N   -0.452642   0.001374
  6.      4  N   -0.458608   0.001417
  7.      5  C   -0.088439  -0.001084
  8.      6  C   -0.269191   0.005537
  9.      7  C    0.175458  -0.031568
  10.      8  C    0.085846   0.000554
  11.     10  C   -0.288767  -0.000615
  12.     11  C    0.069140   0.000090
  13.     12  C   -0.035275  -0.000039
  14.     13  C    0.230557  -0.008452
  15.     16  C   -0.057761  -0.000421
  16.     18  C    0.065342   0.000492
  17.     20  C   -0.037184   0.000016
  18.     21  C    0.173507  -0.009933
  19.     24  C    0.184343  -0.001359
  20.     25  N   -0.473817   0.019980
  21.     26  C    0.305820   0.000491
  22.     30  C    0.046250  -0.000031
  23.     32  C    0.204714   0.000138
  24.     33  C    0.055451  -0.000017
  25.     35  C    0.173841  -0.001046
  26.     36  C    0.209608   0.000098
  27.     37  C    0.087455  -0.005048
  28.     41  C    0.308603   0.000163
  29.     45  C    0.136429  -0.875513
  30.     47  C    0.117389   0.003040
  31.     51  C   -0.088439   0.001084
  32.     52  C   -0.269191  -0.005537
  33.     53  C    0.085846  -0.000554
  34.     55  C   -0.288767   0.000615
  35.     56  C    0.069140  -0.000090
  36.     57  C   -0.035275   0.000039
  37.     58  C    0.230557   0.008452
  38.     61  C   -0.057761   0.000421
  39.     63  C    0.065342  -0.000492
  40.     65  C   -0.037184  -0.000016
  41.     66  C    0.173507   0.009933
  42.     69  N   -0.473817  -0.019980
  43.     70  C    0.087455   0.005048
  44.     74  C    0.136429   0.875513
  45.     76  C    0.117389  -0.003040
  46.     80  Pd   0.195619   0.072914
  47.     81  I   -0.378884   0.025316
  48.     82  N   -0.452642  -0.001374
  49.     83  N   -0.458608  -0.001417
  50.     84  C    0.175458   0.031568
  51.     85  C    0.184343   0.001359
  52.     86  C    0.305820  -0.000491
  53.     90  C    0.046250   0.000031
  54.     92  C    0.204714  -0.000138
  55.     93  C    0.055451   0.000017
  56.     95  C    0.173841   0.001046
  57.     96  C    0.209608  -0.000098
  58.     97  C    0.308603  -0.000163
  59.    101  F   -0.207446  -0.000009
  60.    102  F   -0.207485  -0.000002
  61.    103  F   -0.207446   0.000009
  62.    104  F   -0.207485   0.000002
  63.    113  C    0.065804  -0.000005
  64.    114  C   -0.001196   0.000018
  65.    115  C   -0.001432  -0.000013
  66.    116  C    0.066952   0.000042
  67.    117  C    0.066952  -0.000042
  68.    118  C   -0.001432   0.000013
  69.    119  C   -0.001196  -0.000018
  70.    120  C    0.065804   0.000005
复制代码

好像45、74号C原子的自旋密度有点反常,是说明这个所谓稳定的波函数不是闭壳层了吗?所以是不合理的吗?
hebrewsnabla 发表于 Post on 2024-12-28 14:34:33
<S**2> 小于 2的是有自旋污染的单重态。
sobereva 发表于 Post on 2024-12-28 14:34:23
你先看看stable=opt之后波函数变成了什么状态,自旋密度和<S^2>如何。当前肯定已经不是闭壳层单重态了

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