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针对利用chendraw进行建模时分子扭曲的一个解决办法

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量化小王子

发布时间: 2024-12-28 17:11

正文摘要:

本帖最后由量化小王子于 2024-12-28 17:26 编辑在使用Gassian进行理论计算时，普遍会首先使用chemdraw进行建模，然后保存成cdxml格式，再用chem3d打开，保存成gjf文件，最后再用Gaussian View保存一遍，就可以 ...

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Daniel_Arndt 发表于 Post on 2024-12-30 10:01:16

如果是有机分子的话，我一般都是先用ChemDraw生成SMILES字符串，然后用RDKit的ETKDG v3把SMILES字符串转换为xyz文件。

ABetaCarw 发表于 Post on 2024-12-28 21:18:33

牧生发表于 2024-12-28 20:29
我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的 ...

那我加个定语：“超多原子的平面结构”
刚刚说的这招对于那些立体结构甚至金刚烷这类的都不好使。

再说个处理更复杂体系的方法：假设你遇到个超大平面结构带着一些立体的灯笼（比如金刚烷环糊精）这样的奇葩结构，可以尝试平面结构这么搞搞，然后灯笼单独按照直接粘贴到chem3d的方式弄，然后再到MS里面把两个结构给连上然后再用MS的clean工具点几下，或者forcite优化一下，基本就可以投到xtb里面进行接下来的活了。

量化小王子 发表于 Post on 2024-12-28 21:07:06

牧生发表于 2024-12-28 20:29
我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的 ...

对于一些的配合物，直接按照这样的方法，配合物会成平面，配体与配体之间会重叠

量化小王子 发表于 Post on 2024-12-28 20:36:18

牧生发表于 2024-12-28 20:29
我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的 ...

学习到了

牧生 发表于 Post on 2024-12-28 20:29:12

ABetaCarw 发表于 2024-12-28 19:49
chemdraw中直接复制COF环，然后到chem3D edit - paste special - preserve coordinates
然后MMFF94 能量 ...

我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也基本定性合理。

但也非绝对，比如从网上下载的环糊精分子的mol文件，用这个方法优化出来，并不呈现为撑开的环状，而是坍塌的感觉。

量化小王子 发表于 Post on 2024-12-28 20:22:31

ABetaCarw 发表于 2024-12-28 19:49
chemdraw中直接复制COF环，然后到chem3D edit - paste special - preserve coordinates
然后MMFF94 能量 ...

没试过这样的方法

ABetaCarw 发表于 Post on 2024-12-28 19:49:35

chemdraw中直接复制COF环，然后到chem3D edit - paste special - preserve coordinates
然后MMFF94 能量极小化

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参与人数 Participants 1	eV +1	收起理由 Reason
牧生	+ 1	我就是这样做的，快速高效，对于有机分子也.

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量化小王子 发表于 Post on 2024-12-28 19:47:40

sai77 发表于 2024-12-28 19:01
chemoffice什么版本？17没有该选项哦？

2023，你可以试一下快捷键ctrl shift D

sai77 发表于 Post on 2024-12-28 19:01:30

本帖最后由 sai77 于 2024-12-28 19:06 编辑

chemoffice什么版本？17没有该选项哦？

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