求助分子动力学加热后水盒子出现空洞

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发布时间: 2024-12-31 09:16

我在进行分子动力学极小化后加热，加热后水盒子出现巨大空洞，请问各位老师可能是什么原因？把极小化和加热的脚本也一并附上极小化： Minimization &cntrl imin=1, maxcyc=2000, ncyc=1000, ntpr=100, ntw ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-12-31 13:01:27

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

fhh2626 发表于 Post on 2024-12-31 11:48:09

zdhxcr 发表于 2024-12-31 11:03
我下一步就是要进行ntp预平衡在加热的时候就没有对原子进行约束

跟原子约束没关系，直接npt跑就行了

zdhxcr 发表于 Post on 2024-12-31 11:03:52

SiqiLee 发表于 2024-12-31 09:24
你做加热的时候应当先将所有的重原子限制住呀，你体系虽然做完最小化了，但加热是要有限制的

我是打算下一步进行约束进行ntp预平衡，请问这样可以吗

zdhxcr 发表于 Post on 2024-12-31 11:03:13

fhh2626 发表于 2024-12-31 10:06
ntp=1

我下一步就是要进行ntp预平衡在加热的时候就没有对原子进行约束

fhh2626 发表于 Post on 2024-12-31 10:06:01

ntp=1

SiqiLee 发表于 Post on 2024-12-31 09:24:56

本帖最后由 SiqiLee 于 2024-12-31 09:25 编辑

你做加热的时候应当先将所有的重原子限制住呀，你体系虽然做完最小化了，但加热是要有限制的

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