wzkchem5 发表于 2025-2-5 17:01 好的，谢谢老师的耐心解惑！ |
2877321934 发表于 2025-2-5 00:58 1. 应该问题不大 2. 可以 3. 假如是可逆性比较好的反应，跑一条很长的轨迹也许是可以的，因为即使跑一条轨迹，体系也可以在反应物和产物之间来回多次。但是考虑到xtb并行效率不高，用56个核跑1条轨迹远远不如跑14条轨迹、每条轨迹4个核，甚至跑56条轨迹、每条轨迹1个核。我那篇ChemRxiv跑100条轨迹就是每条轨迹1个核 4. 正规做法是写N个输入文件、用脚本批量提交/批量处理结果。因为这样的脚本写起来足够简单，ORCA没必要专门做一个跑多条轨迹的功能。ORCA 6做metadynamics不清楚，至少效率不会比ORCA 5低。如果只因为你有其他ORCA 5的任务在跑就不好换ORCA 6，说明你的提交任务脚本写得不够灵活，理论上可以把提交脚本复制一份，用来提交ORCA 6。 5. 对于DFT计算用CPCM，对于xtb计算用ALPB。即使ORCA支持IEFPCM，你在xtb计算里也用不起IEFPCM，计算量比xtb本身还要大几十上百倍 |
wzkchem5 发表于 2024-12-31 20:14 好的，太谢谢老师了，我去学习一下，感激不尽 |
2877321934 发表于 2024-12-31 12:29 可以，在orca手册里很容易搜到。主要需要定义合适的collective variable。 此外metadynamics往往要跑到ns级的时长才能收敛，DFT估计跑不动，可以用GFN2-xTB等半经验方法，通过调节特定的半经验参数，使得对于你的特定体系而言精度接近DFT，再跑metadynamics。参见https://chemrxiv.org/engage/chem ... 1d681d2151a02508385。这篇跑的MD是普通MD，但重新拟合半经验方法参数的部分也适用于metadynamics |
wzkchem5 发表于 2024-12-31 19:18 谢谢老师的建议，波函数分析这些已经做了，请问ORCA可以做您说的metadynamics么，如果学习成本不高我去跟导师商量下换方法 |
2877321934 发表于 2024-12-31 11:36 没必要，完全可以从其他方面加内容，比如波函数分析、能量分解分析。 一定要做AIMD的话，得做metadynamics |
wzkchem5 发表于 2024-12-31 17:57 谢谢老师的解答，但目前的主要问题是，课题的研究内容有点不够丰富，让我用AIMD来加点内容，所以只能指定初速度硬着头皮跑了。 |
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你用Eyring方程算一下平均需要多长时间才能反应，就知道AIMD为什么跑不出来了。 对于时间远长于ps或ns量级的过程，不要强求用AIMD跑出来。要想对反应过程做可视化，找到过渡态然后跑IRC就行了。 化学吸附的研究，尤其像这种涉及断键的、能垒比较大的化学吸附，不要盲目照搬物理吸附的研究方法，物理吸附因为几乎没有能垒，MD是常规操作，但不意味着化学吸附也要这样研究。 |
本帖最后由 2877321934 于 2024-12-31 14:12 编辑 sobereva 发表于 2024-12-31 13:33 谢谢老师的解答，此外您在高级班讲义中提到需要用mdrestart文件来定义初速度，请问您觉得我将过渡态CO2的三个原子的各自的笛卡尔坐标 减去 反应物CO2三个原子的各自的笛卡尔坐标，来得到CO2的三个原子的初速度方向，这样做是合理的吗 |
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39.1 kcal/mol的势垒就算挺高了，如果CO2不以足够的速度和恰到好处的朝向、方位去碰撞反应物，反应发生不了，而是往往发生弹性碰撞就跑掉了。这就像打鸟一样，不是随便一打就能打中的 北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里给了丰富的AIMD的例子，像下面这些，相对位置、朝向都是恰到好处的 
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