sobereva 发表于 2025-1-14 00:39
尝试其它CO2模型或者温度
可能当前力场和温度下会导致CO2有一定凝结，故无法得到完全均匀分布的高压气体 ...

感谢老师。换用CO2_zhu力场之后就正常了。另外我在测试的时候发现一个问题，我增加了盒子XY 方向的长度，没有改变分子数量和分子力场的情况下，密度分布也正常了，请问这是什么原因？

xliu97 发表于 2025-1-13 13:17
老师您好，我将模拟时间增加到120ns,结果二氧化碳的密度分布还是出现了一开始的问题。我怀疑自己的5 site ...

我之前使用EPM2模型+SPC/e水模型密度正常，反而是使用trappe_small模型（+OPC3水模型）会出现社长说的类似凝结现象，而且似乎不是模拟时长的问题。80℃，20MPa条件。

xliu97 发表于 2025-1-13 13:17
老师您好，我将模拟时间增加到120ns,结果二氧化碳的密度分布还是出现了一开始的问题。我怀疑自己的5 site ...

尝试其它CO2模型或者温度
可能当前力场和温度下会导致CO2有一定凝结，故无法得到完全均匀分布的高压气体状态

sobereva 发表于 2025-1-7 02:56
最大的可能也就是之前平衡得还不够充分，从gro上能明显看到一边密一边稀疏
另外，用vdwtype        = PM ...

谢谢老师

xliu97 发表于 2025-1-6 09:19
gro文件已上传。另外我又进行了一次同条件下的模拟计算，只改变了分子比，二氧化碳和水分子个数调整到了4 ...

最大的可能也就是之前平衡得还不够充分，从gro上能明显看到一边密一边稀疏
另外，用vdwtype        = PME完全没必要，明显增加耗时。用简单截断足矣

sobereva 发表于 2025-1-4 03:37
上传压缩后的最终的gro文件

gro文件已上传。另外我又进行了一次同条件下的模拟计算，只改变了分子比，二氧化碳和水分子个数调整到了4000：8086，得出的密度分布曲线正常了，即在气相区密度为水平直线。由于我是刚入门进行分子模拟的新手，对于这种现象实在无法解释，还请老师能够指点迷津。

上传压缩后的最终的gro文件

sobereva 发表于 2024-12-31 21:27
不提供模拟细节信息没法判断

总共跑了多久、体系是否已平衡、统计了多少帧、怎么考虑的周期性等一概不提 ...

抱歉。我已经在原贴进行编辑修改。

不提供模拟细节信息没法判断

总共跑了多久、体系是否已平衡、统计了多少帧、怎么考虑的周期性等一概不提，是毫无意义的提问。仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）