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新手需要请教高斯找过渡态结构

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发布时间: 2024-12-31 20:21

正文摘要:

需要请教一下这个题目的过渡态结构用TS方法怎么搭建。谢谢

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-1-2 14:06:27
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-1-2 14:15 编辑

我也跑了下,G16里opt=(calcfc,ts,noeigen)找到的过渡态及IRC(calcfc,stepsize=5,recalc=5,maxpoints=40)的结果是这样的:


(编辑:请无视文件名那两串英文,命名搞错了,不过这不是关键)

此处原子序号和羰基的方向跟二楼社长结果里的有点不一样,虚频差了一个波数,不过IRC确实能联通脱羰基的产物(左)和反应物(右)且过渡态确实是能量最高点。

按有机化学常识,反应物羰基自由基的碳应该更接近sp2杂化而非氰基那样的sp杂化,C-C-O键角在120度附近而不是直线的180度;实际优化出来的无虚频反应物结构也确实如此。一开始GaussView建模时就可以参考这点,摆得好的话没必要花时间柔性扫描。


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fxl444651337 发表于 Post on 2025-1-2 09:28:57
本帖最后由 fxl444651337 于 2025-1-27 18:51 编辑
xsc6 发表于 2025-1-2 02:00
初始结构不好,建议做扫描寻找初始点:http://sobereva.com/474,此外,你们上课老师没讲就让你们自学么


xsc6 发表于 Post on 2025-1-2 02:00:56

初始结构不好,建议做扫描寻找初始点:http://sobereva.com/474,此外,你们上课老师没讲就让你们自学么
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-1-1 20:36:31
fxl444651337 发表于 2025-1-1 20:07
请问为什么我优化后,会出现碳氧三键?

下面这图的输入输出文件最好也给一下,感觉初始结构可能摆得不太好,现在都优化成一氧化碳脱落的产物了。找过渡态是容易出现这种现象的。

社长这篇博文对成键的讨论也值得注意一下,特别是第1节末尾。
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

另外,发帖以后在其他网友看到前,可以点左下角“编辑”按钮修改帖子内容哦。
fxl444651337 发表于 Post on 2025-1-1 20:07:37
sobereva 发表于 2024-12-31 21:28
先优化反应物,拉远要断的C-C键约1/3作为找过渡态的初猜。相关常识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt= ...

请问为什么我优化后,会出现碳氧三键?
fxl444651337 发表于 Post on 2025-1-1 13:38:59
xsc6 发表于 2025-1-1 13:36
顺带问一下,这是你们课程课后作业么

是的,谢谢
xsc6 发表于 Post on 2025-1-1 13:36:03
fxl444651337 发表于 2025-1-1 13:01
已经上传了我的gjf和out文件,麻烦帮我看一下,谢谢

顺带问一下,这是你们课程课后作业么
xsc6 发表于 Post on 2025-1-1 13:35:13
fxl444651337 发表于 2025-1-1 13:01
已经上传了我的gjf和out文件,麻烦帮我看一下,谢谢

超过步长上限,详细见http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html。你这个摆的初始和sob老师感觉还是差了一点,不知道你反应物有没有优化过,你可以先优化,或者做一个柔性扫描能更快速找到更好的初猜过渡态结构
fxl444651337 发表于 Post on 2025-1-1 13:01:25
已经上传了我的gjf和out文件,麻烦帮我看一下,谢谢

ts-16.zip

84.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 28

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-1-1 12:00:50
fxl444651337 发表于 2025-1-1 10:55
我按照您说的把要断的碳碳键拉长了三分之一,跑完报错了,请问是什么原因啊?我用的机组方法是# opt=(calcf ...

注意用词哦,是“基组”不是“机组”,参考社长博文的第9条。
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

截图只展示末尾l9999报错并不能看出具体问题,应该把从优化反应物开始的相关输入输出文件适当压缩,上传为帖子附件方便检查。也可参考http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html的方法解决。
fxl444651337 发表于 Post on 2025-1-1 09:22:29
sobereva 发表于 2024-12-31 21:28
先优化反应物,拉远要断的C-C键约1/3作为找过渡态的初猜。相关常识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt= ...

谢谢,请问您用的机组方法是什么,能不能给一下gjf和out文件?
sobereva 发表于 Post on 2024-12-31 21:28:03
先优化反应物,拉远要断的C-C键约1/3作为找过渡态的初猜。相关常识看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html


实际跑了一下,结果:


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AlexShan_UCLA + 5 社长太敬业了!

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