gromacs重跑问题，得到的结果有一帧完全偏离，如何重跑偏离部分

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发布时间: 2025-1-1 16:39

在50ns的蛋白和配体模拟中，整体的RMSD保持平稳，中间有一帧偏离整体的RMSD值，如何进行重跑后面的20ns

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sobereva 发表于 Post on 2025-1-1 20:53:47

仔细把下文的RMSD部分看了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

lxhpdx 发表于 Post on 2025-1-1 19:57:46

gromacs的rms命令不是会自动处理周期性边界问题嘛

student0618 发表于 Post on 2025-1-1 16:45:28

确定不是周期性边界问题？有没有先用trjconv处理好？

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