student0618 发表于 2025-1-3 21:37
HSD 是CHARMM力场中protonated at delta position的histidine, 预设的质子化，对应amber力场的HID。没记错 ...

谢谢大佬的回复，是的，我从这一步到最后输出assembled的pdb发现，实际蛋白并没有断开，原先这里飘在两侧的片段好像也不复存在。但是有新的问题，1.这个跨周期问题具体是指的什么呀？；2.就是最后我起始pdb文件是存在小分子GDP的，这时候却没有了，不知道怎么解决大佬能不能指点我一下，麻烦了

HSD 是CHARMM力场中protonated at delta position的histidine, 预设的质子化，对应amber力场的HID。没记错的话要改protonation可另外选。

“断开”的部分可看看是否pymol显示cartoon问题(show sticks 看看全原子)或者是跨周期的问题。