octopucee 发表于 2025-1-13 18:59 柔性扫描找过渡态的前提是联通反应物和产物的过渡态确实存在，然而这个体系未必，可以参考下 Org. Biomol. Chem., 2010, 8, 4589-4600和J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 47, 19454–19462的描述。（第二篇文献就是楼上我说的那个帖子头图的来源。文献的结构可以作为参考，但计算级别未必。） |
2877321934 发表于 2025-1-4 21:36 我是做的柔性扫描，谢谢建议，我换一下变量吧 |
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本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-1-10 12:35 编辑 有机化学里键线式把环己烷或环己烯画成平面的，不代表其所有碳原子真就共平面，所以让7号原子“恢复到六元环平面”的要求也不合理。 仅供参考，B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d,p)级别下优化的反应物（质子化的limonene）比较接近产物（bornane的2号位变成阳离子）的无虚频构象从两个视角看大概长这样，六元环更像是环己烷的扭船式构象。（编辑：请无视原子编号和手性与一楼模型的差别。此计算仅为简单定性讨论，实际体系中应当用更好的计算级别并适当考虑显式+隐式溶剂模型。） 
编辑2：巧了，http://bbs.keinsci.com/thread-13398-1-1.html的头图也是这个体系 |
| 你是用的GIC吧，有时候程序觉得你设置的扫描方式太刁钻，它不知道咋继续扫描下去了，就会报错。这个解决方法很玄学。我先前也遇到过，也是用GIC扫描双变量，凑了另一种自认为能描述出反应过程的扫描方法就不会爆了。建议你先改下步长试试，实在不行就换扫描变量 |
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