画温度云图应选用轨迹文件中哪一帧的坐标？

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发布时间: 2025-1-5 21:02

我已经计算出体系中每个原子在轨迹中的平均温度，从中选取了y>4 and y<4.2的这一平面（y等于某个点是没有原子，所以就当这个小范围的厚度忽略不计），并且以最后gromacs输出的md.gro 的坐标作为画图的位置，画出 ...

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mtlin 发表于 Post on 2025-1-5 23:00:48

sobereva 发表于 2025-1-5 21:49
不应当以具体原子来作图，而应当转化成格点数据来作图。图中划分成比如50*50个格子，对整个轨迹已平衡的部 ...

好的，谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2025-1-5 21:49:39

不应当以具体原子来作图，而应当转化成格点数据来作图。图中划分成比如50*50个格子，对整个轨迹已平衡的部分进行统计，得到每个格子里原子的平均温度（循环各帧、循环各原子，原子如果在某个格子里，将其温度累加到这个格子的值上，然后除以累加次数），然后作图

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