sobereva 发表于 2025-1-7 02:20 收到，谢谢老师！学生马上看一下cp2k培训班信息，感谢！ |
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顺带一提，OVITO对于CP2K根本没什么用，毫无必要用这个程序，不少人还被这程序自动按照边界原子位置画出来的盒子所严重误导。用VMD远比这好得多，强大得多也灵活得多。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里讲CP2K做AIMD的所有例子全都用的VMD看轨迹以及写VMD tcl脚本分析轨迹。 我是真心不理解为什么有人要用OVITO看CP2K的结果，也不知道哪学来的，完全是绕弯路。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-1-6 14:13 收到，谢谢老师，我去研究一下子，感谢！ |
liurui 发表于 2025-1-6 13:39 不用叫老师哦……本来Multiwfn给CP2K产生NPT_I系综的MD输入文件时，用选项12开了压浴后选项-5的轨迹输出文件格式就会自动切换到dcd，这和pdb一样记录每帧原子坐标时也记录实时盒子信息，参考http://bbs.keinsci.com/thread-42383-1-1.html三楼社长的讲义。 我不太熟OVITO，反正VMD是可以自动读取这种文件里的盒子信息的，在OVITO里面要另外加么？（总不能说现在的轨迹文件是没盒子信息的.xyz格式，要按&MOTION/&PRINT/&CELL输出的.cell文件慢慢补加吧） |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
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| + 5 | 谢谢 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-1-6 13:25 收到，老师，学生好像整的默认的输入inp文件，没有输出盒子信息，学生加上盒子信息再测试一下子，谢谢老师，非常感谢！ |
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OVITO载入分子动力学轨迹后显示的方框是按体系原子实时分布范围画的，未必真实表现周期性边界条件的盒子；而CP2K输出的轨迹又不会按周期边界条件自动把飘出盒子的原子卷回去，所以才会有这种现象。 我一般都用VMD观看轨迹，对pdb等记录了体系实时盒子信息的轨迹文件，用pbc box显示的盒子肯定是正确的。 |
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