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发布时间: 2025-1-6 14:59
正文摘要:本帖最后由 〇66 于 2025-1-6 15:00 编辑 在阅读了Sob老师的帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）后，想通过SobEDA的方法来计算分子各个片段的ΔE_rep，从而判断出其位阻大小。 分子在划 ... |
〇66 发表于 2025-1-7 16:44 跟电荷毫无必然联系 屏幕上的提示说得没法更清楚，自己看out文件判断原因 |
sobereva 发表于 2025-1-7 02:23 麻烦再问一下老师。我在用sobEDA跑的时候，出现了如下的报错，是不是说明电荷写的有问题呢？不能都写为0： Number of fragments: 3 Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1 Indices of atoms in fragment 1: 6,23-24,27,31-32,35-36,47-53,60-67 Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf) Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits 我的fragment.txt如下 3 0 1 6,23-24,27,31-32,35-36,47-53,60-67 0 1 1,3-4,7-11,13,19-22,28,39-46,54-59,68-71 0 1 2,5,12,14-18,25-26,29-30,33-34,37-38,72-78 |
sobereva 发表于 2025-1-7 02:23 感谢Sob老师回复，我明白啦，谢谢您。 |
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各个片段做sobEDA分析时净电荷都用0 用Multiwfn算一下片段电荷就知道各个片段的净电荷都接近0，本来就没任何理由用带电状态作为参考态 |
| 做布居分析，按片段加和不行吗？ |
k64_cc 发表于 2025-1-6 15:27 可以麻烦问一下有没有用肉眼直接判断的方法呢？谢谢  |
| RDKit，sanitize之后GetFormalCharge |
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