使用antechamber为非标准残基生成 mol2 文件出现错误

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发布时间: 2025-1-8 10:16

如题所示，我使用antechamber为FMT生成 mol2 文件，其中FMT包含的原子是C、O、O，由于FMT两个氧原子分别与ZN有配位键，amber教程里说与锌离子的配位氧原子连接的氢要删掉，因此我没有对FMT进行加氢操作，然后使用ant ...

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YuniJ 发表于 Post on 2025-1-12 16:46:05

SiqiLee 发表于 2025-1-8 20:19
是所有的H都没有加嘛还是加好后删除了对应的H？体系的自旋多重度设置成2却识别成了1？为什么不保留中间文件 ...

您好，是先加了氢，然后删除了氧上的H（因为O和ZN之间存在配位键），然后执行的时候提示错误，后面把这个氢加上以后就没有错误了

SiqiLee 发表于 Post on 2025-1-8 20:19:46

是所有的H都没有加嘛还是加好后删除了对应的H？体系的自旋多重度设置成2却识别成了1？为什么不保留中间文件看看呢？

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