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如何得到适用于charmm36力场的H3O+itp文件

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NEW12138

发布时间: 2025-1-9 17:00

正文摘要:

利用ATB分子库下载的H3O+的itp文件，gmx insert-moleculaes 插入膜的水溶液环境，改了gro文件和top文件以及itp文件里的O原子类型命名，在charmm36力场下跑了md模拟，虽然没有报错，但是这样的模拟应该是存在问题的， ...

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NEW12138 发表于 Post on 2025-1-12 18:44:40

fhh2626 发表于 2025-1-12 15:39
这篇论文中O和H的VDW参数和成键参数没有变

好的，谢谢您的回复，我再仔细看看这个文章。所以OH2不重要，只是一个名称

fhh2626 发表于 Post on 2025-1-12 15:39:37

NEW12138 发表于 2025-1-11 22:02
谢谢您的回复，有个问题想进一步请教一下，就是SI里的提供的是电荷信息，我只需要直接加到ions.itp文件里 ...

这篇论文中O和H的VDW参数和成键参数没有变

fhh2626 发表于 Post on 2025-1-10 11:09:01

CHARMM36力场本身就有OH-的参数，H3O+的参数见https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0006349513007455 的SI

NEW12138 发表于 Post on 2025-1-10 09:13:20

sobereva 发表于 2025-1-10 00:32
合适

好嘞，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2025-1-10 00:32:01

NEW12138 发表于 2025-1-9 21:41
太感谢sob老师了，我回去尝试一下。还想请问OH-这样的小分子用sobtop也合适吗，因为我主要是想模拟酸碱膜 ...

合适

NEW12138 发表于 Post on 2025-1-9 21:41:08

sobereva 发表于 2025-1-9 21:27
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建立基于GAFF力场的[H3O]+的拓扑文件，genmixmem（http://sober ...

太感谢sob老师了，我回去尝试一下。还想请问OH-这样的小分子用sobtop也合适吗，因为我主要是想模拟酸碱膜环境

sobereva 发表于 Post on 2025-1-9 21:27:42

sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建立基于GAFF力场的[H3O]+的拓扑文件，genmixmem（http://sobereva.com/245）产生磷脂膜的结构文件，然后Slipids膜力场或Lipid膜力场结合SPC/E水模型做动力学模拟，这是最推荐的方案。

另外，gromos54A7根本不是拿来模拟磷脂膜的，非要用联合原子模型也是用与这个力场兼容的专门的膜力场，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）讲生物膜模拟的部分专门说了：

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