分子二聚体刚性扫描的python脚本

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发布时间: 2025-1-10 19:04

本帖最后由 Novice 于 2025-1-10 20:00 编辑用社长dimerscan小程序产生分子二聚体刚性扫描scan.xyz文件时，惊奇的发现分子的平移向量方向并不是严格沿着指定的两点连线的向量方向。如下图所示，我的两个分子为 ...

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Novice 发表于 Post on 2025-1-14 08:36:54

sobereva 发表于 2025-1-14 03:48
我测试了dimerscan，没遇到你说的问题。下图是dimerscan产生的scan.xyz，对第二个片段每一帧叠加显示，肉 ...

我又试了一下，的确是没问题的。但是我之前不知道怎么搞的却有问题（如原帖左侧两图所示）

sobereva 发表于 Post on 2025-1-14 03:48:06

Novice 发表于 2025-1-13 08:29
附件为dimerscan输入文件，扫描的原子序号是40（X虚原子）和44（虚原子法线上方对应的原子）。

我测试了dimerscan，没遇到你说的问题。下图是dimerscan产生的scan.xyz，对第二个片段每一帧叠加显示，肉色和青色圆球分别是40和44号原子，可以看到第二个片段就是相对于第一个片段顺着40-44连线方向刚性地移动的。

PS：为了避免视觉误差，我用了正交视角显示，而非默认的透视视角

Novice 发表于 Post on 2025-1-13 08:29:46

sobereva 发表于 2025-1-11 00:20
没有你的dimerscan的输入文件，我没法判断是什么情况。dimerscan没有已知的bug

附件为dimerscan输入文件，扫描的原子序号是40（X虚原子）和44（虚原子法线上方对应的原子）。

Trz-MeCz.txt (3.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva 发表于 Post on 2025-1-11 00:20:38

没有你的dimerscan的输入文件，我没法判断是什么情况。dimerscan没有已知的bug

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