计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 进行pull处理时提示distance与box size不合理报错

进行pull处理时提示distance与box size不合理报错

查看数: 484 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

zhangfaxue

发布时间: 2025-1-17 17:37

正文摘要:

进行拉伸过程中，提示如下错误：请问： 1、pull时计算两个分子距离是怎么计算的，提示的6.525nm怎么获得的？质心距离吗？（我的大分子大概最长边2.8nm） 2、出现上述错误可能是哪些原因？该怎么处理？

回复 Reply

zhangfaxue 发表于 Post on 2025-1-20 18:30:23

FrancisCho 发表于 2025-1-18 08:48
1、6.525nm应该是您当前模拟状态下两个组的质心的距离（我翻看了一下我自己模拟中的nohup.out中初始distanc ...

谢谢指导，确实是质心的距离，我再检查一下

FrancisCho 发表于 Post on 2025-1-18 08:48:10

本帖最后由 FrancisCho 于 2025-1-18 08:59 编辑

1、6.525nm应该是您当前模拟状态下两个组的质心的距离（我翻看了一下我自己模拟中的nohup.out中初始distance是0.06nm，和用gmx distance给出的值很接近）
2、一般GMX中SMD的拖动长度不应超过该方向上盒子尺寸的一半，如要超过，则应使用pull_coord1_geometry = direction-periodic、pull_coord1_vec = 0.0 0.0 -1.0以及pull-pbc-ref-prev-step-com = yes，在这种情况下不能进行NPT，但不会报错（我做US就是这样设置的）

Snipaste_2025-01-18_08-46-27.png (167.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

GMX官网对于pull_coord1_geometry = direction-periodic描述

Snipaste_2025-01-18_08-58-30.png (94.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

gmx distance

Snipaste_2025-01-18_08-57-04.png (111.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

pull-code

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register