GROMACS做含非标残基的多肽模拟在生成拓扑文件时报错该怎么解决？

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jxt

发布时间: 2025-1-22 10:17

本帖最后由 jxt 于 2025-1-22 10:17 编辑大家好，我最近用GROMACS对含有非标准残基(具体为多肽N端的VAL的-NH2被乙酰化)的蛋白体系用 pdb2gmx命令生成拓扑文件时频繁报错，说非标残基上有一个C原子没有在我的pdb ...

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jxt 发表于 Post on 2025-1-22 14:04:23

感谢卢老师！我再试试

sobereva 发表于 Post on 2025-1-22 13:42:14

AMBER力场目录下的aminoacids.rtp里直接就用乙酰基[ACE]的定义，把pdb里的残基名改成对应的就完了，没必要自己弄个非标准残基出来

Seyilaxa 发表于 Post on 2025-1-22 12:13:07

公社里有其他人做非标准氨基酸模拟的帖子可以参考
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=29955

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