Sunca 发表于 2025-2-7 20:33
谢谢卢老师，这么大体系用计算BCP来单独算氢键键能的那个方法用不了是吧。那我这个体系有没有别的目前硬 ...

氢键位点及周围一圈原子用和我的JCC 2019文章相同的基组，距离氢键位点远的地方用小基组如3-21G，能算得动

sobereva 发表于 2025-1-26 13:55
1 当前体系中氢键作用能占分子间总相互作用能的主要成分。如果你非要和范德华作用分得那么清楚，那就需要 ...

谢谢卢老师，这么大体系用计算BCP来单独算氢键键能的那个方法用不了是吧。那我这个体系有没有别的目前硬件条件能用的方法计算氢键键能？

Sunca 发表于 2025-1-25 19:08
谢谢卢老师的回复，我还有下面3个问题想要问下您：
1.为什么整体减两个片段能量得到的是氢键相互作用，[ ...

1 当前体系中氢键作用能占分子间总相互作用能的主要成分。如果你非要和范德华作用分得那么清楚，那就需要用Multiwfn做AIM拓扑分析。

2 应当优化

3 这种计算条件、这么大体系，用xtb里的GFN2-xTB或MOPAC里的PM6-D3H4X算相互作用能。DFT太费劲

sobereva 发表于 2025-1-25 10:47
总氢键作用能直接用整体减两个片段能量算就完了，不需要用AIM拓扑分析的方式

谢谢卢老师的回复，我还有下面3个问题想要问下您：
1.为什么整体减两个片段能量得到的是氢键相互作用，那非氢键的静电相互作用和范德华作用呢？因为我的目的就是单独计算出氢键作用
2.我的结构是从我做的分子动力学模拟中截取的一帧，计算单点能然后算氢键作用能的话，应该保持这样的结构不变还是需要再做优化？
3.我一共520个原子，用Gaussian，16个cpu核心算单点能用什么方法和基组算合适，比如B3LYP-D3(BJ)+什么基组好呢

Sunca 发表于 2025-1-24 20:38
1.卢老师，我想计算两条长链分子总的氢键结合能，两个分子间大概有10个氢键，我需要计算每个氢键的键能然 ...

总氢键作用能直接用整体减两个片段能量算就完了，不需要用AIM拓扑分析的方式

Sunca 发表于 2025-1-24 12:26
我刚入门，想做单点任务得到fch文件然后算氢键结合能，参考的http://sobereva.com/522例子中用的基组，我 ...

恰当简化体系，只保留要用522博文里的做法算氢键键能附近的原子

savorw 发表于 2025-1-24 10:18
好奇楼主是什么样的牛逼机器，520原子的体系，用TZVPP这么大的基组，估计没认真学过卢老师的贴子，这么大体 ...

我刚入门，想做单点任务得到fch文件然后算氢键结合能，参考的http://sobereva.com/522例子中用的基组，我不太懂，您推荐我应该用什么基组？

好奇楼主是什么样的牛逼机器，520原子的体系，用TZVPP这么大的基组，估计没认真学过卢老师的贴子，这么大体系为什么要这么大的基组，为什么要加弥散？

13176 basis functions, 19632 primitive gaussians, 14840 cartesian basis functions
  1130 alpha electrons     1130 beta electrons

2260个电子，13176个基函数，Oh my God, 这得用啥服务器可以算出来，8个CPU够吗？

来教你

先看这个http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

然后打开你的log文件，Ctrl+F termination ,找到

1. Out-of-memory error in routine ShPair-CalcS2-2 (IEnd=     373609315 MxCore=     316521421)
   
2. Use %mem=615MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
   
3. Error termination via Lnk1e in /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe at Fri Jan 24 07:38:48 2025.

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