sobereva 发表于 2025-1-26 11:51
密度属于相对容易模拟准的量（除非当前体系本来就不好描述准），3.3%说大不大说小不小。既然密度是可有可 ...

好的。感谢卢老师解惑！

Tanghaoru 发表于 2025-1-25 23:39
感谢！我当时的出发点是用了OPLS-AA力场算溶质在溶剂中的分布情况，算了radial distribution function（R ...

密度属于相对容易模拟准的量（除非当前体系本来就不好描述准），3.3%说大不大说小不小。既然密度是可有可无的，想作为力场的验证但实际上又没有完美地达到这个目的，审稿人又不喜欢这数据，索性删了完了。

Seyilaxa 发表于 2025-1-25 23:25
这取决于你做模拟的出发点是什么。举个例子，sob老师的这篇帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1 ...

感谢！那我试试重新设置。

wbqdssl 发表于 2025-1-25 23:15
1.分子动力学模拟用的是分子力场，这是一种牺牲了精度换取速度的方法，因此由于方法本身的特性，就会产生误 ...

感谢！我当时的出发点是用了OPLS-AA力场算溶质在溶剂中的分布情况，算了radial distribution function（RDF）。想着加点内容，就算了误差来佐证我的力场选择没啥问题。误差结果放在SI中的。我是感觉这个误差对文章没啥影响。那我顺着审稿人的话说，然后我把误差结果删了？保留RDF结果可以吗？感谢！

这取决于你做模拟的出发点是什么。举个例子，sob老师的这篇帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html）里，单单对纯水这么“简单”的体系，不同的水模型对不同物理量计算出的精度都天差地别，对于溶剂模型而言，除了密度还有熔沸点、表面张力、和其他力场的适配度等等一堆东西可以拎出来说，在绝大多数的模拟中，要想实现某一方面的精准，就要牺牲其他方面的精度，所以除非你跑模拟的目的是复现实验测得的密度，否则很难界定密度误差对实际模拟有多大的影响
另外，对于非水体系的模拟，在mdp文件中把compressibility设置为实测的压缩系数，通常有助于改善对密度的表现

1.分子动力学模拟用的是分子力场，这是一种牺牲了精度换取速度的方法，因此由于方法本身的特性，就会产生误差。
2.从心理角度来说，你可以换位思考一下；既然审稿人他认为这误差不可接受，那你再去拿文献反驳意义不大。当然这是我个人意见，因为我在有次revision中拿文献反驳审稿人的某条意见，那个审稿人直接回复“引用其他作者的错误做法没有任何意义”，且给拒稿。所以即使你找到文献，审稿人认不认同你找的文献又是另一回事。人都是有点自尊心的。
3. 审稿人说他宁愿避免展示数据，你可以适当反驳。因为这数据确实是你跑MD做出来的，只要你的方法合理，那结果该是什么就是什么，你认为对文章有意义就可以展示。当然我不知道你文章的具体内容，如果这个密度对文章影响不大，真的可有可无，那你可以考虑委婉地回复，并把这部分删掉。理由是：这部分计算对文章贡献不大，且由于MD模拟本身方法带来的误差，计算结果误差较大。不能比较满意地解释实验现象，于是删去。
4.如果这个数值占比较重要的地位，不太好轻易删去，那你可以尝试改进方法，比如重新建体系；换力场；跑平行模拟取平均值等，想办法减少这个误差，并在文章里使用新的数据，审稿意见里说明你做了哪些工作来减少误差。
5.既然你做了实验，那MD模拟应当就只是个验证？你可以把重心放在实验那部分，即使有误差，那有实验撑腰，也可以实验为主。
6.我个人感觉，看审稿人意见，他说的是did not make much sense，他是觉得这数值对文章没贡献，而不是说你做错了。所以他可能就是想让你删了？