动力学轨迹用pbc wrap -all命令后仍然有部分原子远离盒子

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发布时间: 2025-1-29 02:02

请问下各位老师同学，我对一段动力学轨迹用pbc wrap -all -compound fragment后，仍然有几个原子出现在盒子外面。这种情况该怎么让这些原子回到盒子呢

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sobereva 发表于 Post on 2025-1-30 15:23:10

ljh123 发表于 2025-1-30 00:06
sob老师我第一帧里溶质分子和水分子连接都是正常的，轨迹大部分帧也都是正常的。由于体系中存在水分子之 ...

可

ljh123 发表于 Post on 2025-1-30 00:06:22

sobereva 发表于 2025-1-29 16:41
VMD根据载入的最初结构判断连接关系，并由此确定各个fragment。倘若第一帧的结构分子就不是完整的，按照fra ...

sob老师我第一帧里溶质分子和水分子连接都是正常的，轨迹大部分帧也都是正常的。由于体系中存在水分子之间的质子传递，所以只有个别帧出现氢原子或者氧原子远离盒子的情况（比如上传的图片）。请问可以单独对这些帧进行调整吗

sobereva 发表于 Post on 2025-1-29 16:41:42

VMD根据载入的最初结构判断连接关系，并由此确定各个fragment。倘若第一帧的结构分子就不是完整的，按照fragment保留完整自然就会这样

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