sobereva 发表于 2025-1-30 22:37
可以

既然做了动力学模拟，也建议同时考察氢键存在比率（存在氢键的帧除以总帧数）、平均寿命（根据几 ...

好的，非常感谢Sob老师！！

wbqdssl 发表于 2025-1-30 18:05
非常感谢Sob老师的耐心解答！还需要请教您我下面的理解是否正确？
如果我的目标仅为定性比较不同配体的 ...

可以

既然做了动力学模拟，也建议同时考察氢键存在比率（存在氢键的帧除以总帧数）、平均寿命（根据几何结构特征判断），可以给出更充分的信息

sobereva 发表于 2025-1-30 15:21
1 几何优化和MD过程没有可比性。前者得到的是势能面最低结构，后者是对势能面采样。对于较弱的相互作用，几 ...

非常感谢Sob老师的耐心解答！还需要请教您我下面的理解是否正确？
如果我的目标仅为定性比较不同配体的氢键强弱（例如判断配体A的氢键是否普遍强于配体B），而不需要定量准确地计算特定情况下的氢键作用能；是否可以提取一些已平衡时段的结构用M06-2X/6-311+G(2d,2p) ，使用SMD模型加D3的条件计算氢键键能，再把这些帧的结构的结果取平均来得到最终结果去比较？用这样得到的数据去定性比较是否有一定的意义呢？

1 几何优化和MD过程没有可比性。前者得到的是势能面最低结构，后者是对势能面采样。对于较弱的相互作用，几何优化后可能出现，而在温度不很低的动力学过程中，其出现的概率可能很低、平均寿命可能很短

参考
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

2 MD过程的结构每个时刻都不同，所以氢键作用能每个时刻都在变化。取结果的时间平均可以得到特定的模拟环境下的平均的氢键作用能，但显然这和几何优化得到的极小点结构算的不同（由于热运动会一定程度破坏氢键，前者会弱于后者）