Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-6 16:36
现在这样根本没加载上new.pdb，显示的盒子当然不对。往VMD载入任何文件都不是直接把它拖到命令行就行的， ...

谢谢，这次成功了。

0.01 发表于 2025-2-6 16:11
好的，谢谢，是我哪里输入错了吗？我出现的图和你这个不一样，就是我发的那种边上还有空隙？
Info) VMD  ...

现在这样根本没加载上new.pdb，显示的盒子当然不对。往VMD载入任何文件都不是直接把它拖到命令行就行的，VMD会试图把文件路径当成指令执行，然后就产生倒数第三行invalid command name这样的报错。应该在命令行输入mol new new.pdb，或者用File - New Molecule窗口来载入new.pdb。建议读一读用户指南，就在VMD目录下doc文件夹里的ug.pdf。

另外，把软件装到含有加号的目录下并不是好习惯，这种特殊字符（也包括空格、中文等）可能影响文件路径的解析。兼容性最好的应该只用字母数字下划线命名并简洁短小，比如D:\VMD这样。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-6 15:55
在别人回帖前请利用编辑功能修改原帖而不是连续发回复，而且大尺寸的cube文件作为帖子附件上传前应该压缩 ...

好的，谢谢，是我哪里输入错了吗？我出现的图和你这个不一样，就是我发的那种边上还有空隙？
Info) VMD for WIN32, version 1.9.3 (November 30, 2016)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info)    Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info)    Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 8 CPUs detected.
Info) Free system memory: 658MB (32%)
Info) OpenGL renderer: NVIDIA GeForce MX250/PCIe/SSE2
Info)   Features: STENCIL MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVFGS)
Info)   Full GLSL rendering mode is available.
Info)   Textures: 2-D (32768x32768), 3-D (16384x16384x16384), Multitexture (4)
Info) Spaceball driver not installed.  Spaceball interface disabled.
Info) No joysticks found.  Joystick interface disabled.
Info) Dynamically loaded 75 plugins in directory:
Info) R:/Multifn+VMD/VMD/plugins/WIN32/molfile
vmd > iso
Info) Using plugin cube for structure file density1.cub
cubeplugin) trying to read cube data set 0
Info) Analyzing Volume...
Info)    Grid size: 185x128x75  (27 MB)
Info)    Total voxels: 1776000
Info)    Min: 2.06161e-020  Max: 126.003  Range: 126.003
Info)    Computing volume gradient map for smooth shading
Info) Added volume data, name=density1.cub : Gaussian Cube:  Generated by Multiwfn
Info) Using plugin cube for coordinates from file density1.cub
Info) Determining bond structure from distance search ...
Info) Analyzing structure ...
Info)    Atoms: 22
Info)    Bonds: 23
Info)    Angles: 0  Dihedrals: 0  Impropers: 0  Cross-terms: 0
Info)    Bondtypes: 0  Angletypes: 0  Dihedraltypes: 0  Impropertypes: 0
Info)    Residues: 1
Info)    Waters: 0
Info)    Segments: 1
Info)    Fragments: 1   Protein: 4   Nucleic: 0
cubeplugin) trying to read cube data set 0
Info) Analyzing Volume...
Info)    Grid size: 78x54x32  (2 MB)
Info)    Total voxels: 134784
Info)    Min: -0.0708124  Max: 0.0535719  Range: 0.124384
Info)    Computing volume gradient map for smooth shading
Info) Added volume data, name=ESP1.cub : Gaussian Cube:  Generated by Multiwfn
Info) Using plugin cube for coordinates from file ESP1.cub
Info) Finished with coordinate file density1.cub.
Info) Finished with coordinate file ESP1.cub.
vmd > R:\Multifn+VMD\VMD\new.pdb
invalid command name "R:Multifn+VMDVMD
ew.pdb"
vmd > pbc box

0.01 发表于 2025-2-6 15:11
pbc box指令加上-center origin，加上这个指令也不在中间。

在别人回帖前请利用编辑功能修改原帖而不是连续发回复，而且大尺寸的cube文件作为帖子附件上传前应该压缩到5 MB以下。

你发的几个文件的原子坐标是对应的，中心不在原点。VMD 1.9.3上绘制的结果如下（不用在意我自己调的turbo渐变色），pbc box显示的盒子符合需求。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-4 00:58
第一个问题，诚然对此帖的单个有机小分子可以用，但是你得考虑整个课题里不同体系相同任务的计算级别一致 ...

pbc box指令加上-center origin，加上这个指令也不在中间。

这是静电势cube文件、电子密度cube文件。

sobereva 发表于 2025-2-4 14:45
新产生了fch当然得调用Multiwfn重新计算cube文件，光是VMD里输入iso显示的还是之前的cube文件

知道了，老师

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-4 00:58
第一个问题，诚然对此帖的单个有机小分子可以用，但是你得考虑整个课题里不同体系相同任务的计算级别一致 ...

好的，谢谢

0.01 发表于 2025-2-4 00:16
因为我按你上述的操作，结果还是得到和第一次一样的结果，我这个贴子里分子为4,4-偶氮吡啶，不存在碘原子 ...

新产生了fch当然得调用Multiwfn重新计算cube文件，光是VMD里输入iso显示的还是之前的cube文件

0.01 发表于 2025-2-4 00:16
因为我按你上述的操作，结果还是得到和第一次一样的结果，我这个贴子里分子为4,4-偶氮吡啶，不存在碘原子 ...

第一个问题，诚然对此帖的单个有机小分子可以用，但是你得考虑整个课题里不同体系相同任务的计算级别一致啊，切换泛函来做既使结果失去可比性又容易起疑问（http://sobereva.com/415）。
从泛函来看，如果几何优化除了小分子本身还有小分子形成的团簇的话，这个旧版Gaussian又用不了D3色散校正，单纯B3LYP没法合理描述团簇间小分子的弱相互作用（http://sobereva.com/557），不换软件的话就得改用一个此版本能支持且合理的泛函（http://sobereva.com/210）。
从基组来看，6-311G(d,p)支持的元素不超过前四周期，如果有机分子可能含碘原子的话那也不能直接用，要么自定义混合基组（http://sobereva.com/60）要么直接用其他系列更完整的基组（http://sobereva.com/373）。

第二个问题，社长那个VMD脚本里iso指令应该是加载的静电势和电子密度的cube文件，与fch文件无关。确认静电势cube文件、电子密度cube文件、new.pdb文件里的原子坐标是否一致，是否有正有负、中心大致在原点，如果是的话载入VMD后pbc box指令加上-center origin选项。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-3 23:52
new.pdb记录的盒子信息是按周期性晶格矢量的格式来写的，这样方便在VMD里用pbc box显示盒子。但是为什么 ...

因为我按你上述的操作，结果还是得到和第一次一样的结果，我这个贴子里分子为4,4-偶氮吡啶，不存在碘原子，和新帖中不是一个物质。那我的Gaussian是09 c.01 版本可以用你之前的来优化和做单点计算吗？
我是先优化完，之后把fch文件导入multiwfn，得到new.pdb，之后再用multiwfn把new.pdb转换为Gaussian输入格式，再采用#p B3LYP/6-311G(d,p) nosymm 得到new.chk，在转换为fch格式，用VMD输入iso打开，再将new.pdb拖入，输入pbc box，最后出来的结果与之前一样，是我哪里操作错了吗？

0.01 发表于 2025-2-3 21:30
如此图所示

new.pdb记录的盒子信息是按周期性晶格矢量的格式来写的，这样方便在VMD里用pbc box显示盒子。但是为什么要用Multiwfn查看new.pdb的结构呢，博文426又没有这个操作，用其中坐标生成Gaussian输入文件的时候也不必经过这一步。

另外，这帖并没有像隔壁那个新帖那样，表明计算所用Gaussian是旧的09 C.01版、研究课题还涉及含碘有机分子，所以我在4楼写的例子所用泛函和基组不适合当前问题，请自行按新帖里别人推荐的更改。但是nosymm还是要注意的。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-3 15:40
看2楼没说，我就猜到多半要出这种问题……显然优化的过程涉及原子坐标变化和朝向调整的问题，其中有关朝 ...

好的，谢谢