基于Amber的MCPB.py生成含铁离子金属蛋白的力场参数时，在创建Gaussian输入文件时报错

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发布时间: 2025-2-10 11:14

各位前辈好！我最近尝试在Gromacs上跑含铁离子金属蛋白的分子动力学，多方查询资料后选择基于Amber的MCPB.py生成其参数，参考帖子链接为http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html。前期还算正常，在执行“使 ...

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停云云 发表于 Post on 2025-11-21 09:32:38

虚心学习发表于 2025-6-3 16:42
您好，请问是如何解决的？遇到了同样的问题。是.in文件中哪一项参数设置出了问题吗，请指教，非常感谢！

抱歉，我主课题不做MD相关内容，太久之前做的这个了，是帮别人搞的，最后他那个蛋白结构有问题，现在没做了。已经忘记那个问题怎么解决的了，下次如果有相同情况一定把解决方案放出来，我想应该是那个文件里面有什么比较低级的错误，所以我才会像上面那样回答。

虚心学习 发表于 Post on 2025-6-3 16:42:58

停云云发表于 2025-2-10 20:32
已经解决，是自己没有理解透彻参数的含义。

您好，请问是如何解决的？遇到了同样的问题。是.in文件中哪一项参数设置出了问题吗，请指教，非常感谢！

停云云 发表于 Post on 2025-2-10 20:32:33

已经解决，是自己没有理解透彻参数的含义。

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