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想请教一下大佬们,跑nvt系综,石英壁面发生滑移了是怎么回事?

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发布时间: 2025-2-10 11:52

正文摘要:

在NVT条件,跑了CO2在石英狭缝中与油的接触状况,结果跑完后,用vmd打开gro文件发现石英壁面发生滑移,但是导入xtc文件的话,每一帧的轨迹都是正常的。但在出数据如CO2的msd时,会出现,There were 1186 inconsisten ...

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牧生 发表于 Post on 2025-2-13 11:11:21
本帖最后由 牧生 于 2025-2-13 11:12 编辑

先说清楚,你要问什么。。我看了一会这图,猜你想问的是金属有点变形?如果是金属变形,说明你用的金的参数有点不合理。按照这篇文献给的金的参数JPCC,112,17281,是能很好维持金的结构的。

如果确实没法把参数搞好,把金冻结也行。虽然过程不太合理,但结果是合理的。
牧生 发表于 Post on 2025-2-11 14:08:42
http://bbs.keinsci.com/thread-46377-1-1.html   

看第五楼,再用dynamicbonds显示,就没问题
牧生 发表于 Post on 2025-2-10 13:37:42
你这个石英表面看起来也没有饱和羟基啊,这可能就有点不合理哦。
羟基化的石英和金都不需要冻结,靠文献中的参数,是可以维持很好的结构的。

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... E%D1%F5%BB%AF%B9%E8
http://sobereva.com/153

http://bbs.keinsci.com/thread-42862-1-1.html


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