酶的团簇优化中如何理解显式水分子在不同位置的变化？

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zep

发布时间: 2025-2-10 21:36

本帖最后由 zep 于 2025-2-10 21:36 编辑各位老师好，我在研究酶的团簇模型中发现，我的某个过渡态走IRC后几何优化得到下一步的中间体1（水分子在A位置）对应A途径，我如果想让水分子在B位置对应另一条途径，我 ...

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zep 发表于 Post on 2025-2-10 23:31:04

Huschein 发表于 2025-2-10 22:43
你可以这么理解但是化学反应的发生一般就是飞秒尺度，所以不要显著的改变结构，如果这两个IM坐标上差不多 ...

好的感谢回复，请问IM坐标上差不多，具体点我可以这样子理解吗？如果我得两个体系坐标只有水分子移动较为明显比如1-2埃米，变换位置，其余靠近水的的变化很小，远的甚至基本不变，这算是差不多，如果是水的位置发生了改变，团簇内其余坐标也发生了改变并且较大就属于显著改变结构

Huschein 发表于 Post on 2025-2-10 22:43:24

你可以这么理解但是化学反应的发生一般就是飞秒尺度，所以不要显著的改变结构，如果这两个IM坐标上差不多是可以的

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