VMD计算RDF，在靠近0处有小峰

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发布时间: 2025-2-11 13:47

各位大佬好，我想计算被膜孔捕捉的离子与水的RDF，我将lammps生成的轨迹文件导入VMD计算，细节如图所示。其中serial 338是模拟体系图中被膜“捕获”的离子。type6 是水分子中的氧原子的元素类型。我阅读了之前公社有 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-2-13 11:45:52

海棠依旧cdut 发表于 2025-2-13 11:08
很抱歉再次打扰社长，我按照您的建议进行了修改，但是我发现命令写好了后VMD没有变化。请问是我命令理解 ...

本来就那样，已经定义完了

sobereva 发表于 Post on 2025-2-12 22:26:57

海棠依旧cdut 发表于 2025-2-12 14:48
感谢社长的回答，我发现VMD在读取轨迹的时候确实没有正确定义盒子信息。由于我是lammps模拟后生成的轨迹 ...

我不用Lammps，不清楚
可以自行在VMD里运行定义盒子的命令，如pbc set {10.0 12.0 11.0} -all：设置所有帧的盒子尺寸为10*12*11埃

sobereva 发表于 Post on 2025-2-12 05:36:52

确保在VMD里已经对每一帧正确定义了盒子信息
对轨迹的PBC记录方式设置不当也可能造成这种问题

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