本帖最后由 牧生 于 2025-5-11 09:21 编辑 yaohuaxiaoshuo 发表于 2025-5-10 16:04 win下可以直接用的。在cmder里面，可以直接运行的，但是要注意路径的修改。比如我用的orca，就改成： ORCA="D:\ORCA_6.0.1\orca.exe" orca_2mkl="D:\ORCA_6.0.1\orca_2mkl.exe" 实际运行的效果和linux下无异 
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yaohuaxiaoshuo 发表于 2025-5-10 16:04 vmware虚拟机里装个linux系统就能用 参考 在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示 http://sobereva.com/454（http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html） |
| windows 下也能用懒人脚本吗？ |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-12 20:54 好的，十分感谢，我先自己研究一下。 |
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-2-12 20:56 编辑 p58m9 发表于 2025-2-12 17:33 这gau.out好空，按理该有的输出内容不知道丢到哪了。此时排查问题应该绕开脚本单独跑高斯，具体说就是把gau.gjf里的#改成#P，然后在命令行用g16 < gau.gjf | tee gau.out提交任务，这样输出既能记录于gau.out又能实时显示在屏幕上，看看有无异常。说实话我不确定像这样在mingw64提供的shell环境下提交Windows版Gaussian任务是否可靠，另外路径里的GAUSSVIEW拼写错误有点离谱。 编辑：与此同时，如果遇到问题也可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html这两篇帖子，先自行尝试解决。 |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-12 13:35 Avogadro的加氢苯环上没有氢，会直接报错。GaussView和Avogadro加氢用vscode可以看到原子和键的数据是有不同（不确定是不是计算方法的误差），将总电荷改为-1后显示这个不变Running optimization task under solvent via Gaussian...应该有几个小时了。 |
Loading0760 发表于 2025-2-12 13:35 一开始没有加，后面那次加过了 |
p58m9 发表于 2025-2-12 13:02 我拿GaussView的Tools - Atom List - Edit - Add Hydrogens for All Atoms试了一下，似乎C18加氢所得甲基有点不太正常，可以和Avogadro的加氢结果比较一下。注意检查末端-OSO3H的质子化状态，如果氢已经电离出去则总电荷应该是-1而非0。如果还有其他问题，需把出错时留下的gau.gjf和gau.out上传以便检查。 |
p58m9 发表于 2025-2-12 13:02 $ ./RESP2.sh 17241.pdb 0 1 water 你这里的17241.pdb加氢了吗？ |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-12 11:42 感谢您的回复，这个是我vina对接的pdbqt结果，用GaussView保存成的pdb，我用GaussView自动加氢后依然会报错。 R9000P@LAPTOP-4V0HUN77 MINGW64 /e/dock/resp2 $ ./RESP2.sh 17241.pdb 0 1 water Net charge = 0 Spin multiplicity = 1 Solvent is water delta parameter is 0.5 Generating tmp.xyz... tmp.xyz exists. Running optimization task under solvent via Gaussian... The task has failed! Exit the script... |
| 17241.pdb是初始结构吗，从哪里来的？碳原子全都裸露着，直接用于Gaussian计算没法得到合理结果，需要先用GaussView等结构编辑软件把所有氢给补上。 |
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