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关于使用gromacs模拟蛋白同源多聚体的形成并没有观察到理想结果的一些问题

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YuniJ

发布时间: 2025-2-13 18:00

正文摘要:

如题所示，我对三个单体（蛋白质）进行了100ns的模拟，期望看到他们形成三聚体的过程，但结果并没有形成三聚体（实验中可以形成三聚体），只是其中两个蛋白有简单的接触，使用的mdp已上传，初始是自由放置了三个单体 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-2-13 22:45:08

没给出模拟完的new cartoon风格的图别人没法判断二级结构是什么情况
如果VMD里看到最后二级结构都没了，并且即便单独跑一个蛋白质的模拟也是这样，几乎一定是力场用得有问题。如果VMD里能看到最终依然有二级结构，说明是dssp用得有问题（也可以改用VMD自带的timeline工具获得各个残基二级结构随时间的变化）

YuniJ 发表于 Post on 2025-2-13 18:51:53

student0618 发表于 2025-2-13 18:48
100ns is too short for that process, better use some enhanced sampling method.

好的，谢谢您，那请问那个二级结构呢？也是因为时长太短吗？

student0618 发表于 Post on 2025-2-13 18:48:51

100ns is too short for that process, better use some enhanced sampling method.

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