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使用Amber20在平衡阶段或生产阶段报错

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发布时间: 2025-2-14 13:11

正文摘要:

我使用Amber20跑cMD,体系的氨基酸大概有1058个,使用CHARMM-GUI加膜和水以及离子,总原子数大概有20万个。跑到equilibrium阶段,脂质分子的极性头部分进入水相,然后production阶段,盒子被拉长,直接报错。我尝试 ...

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zhouoh 发表于 Post on 2025-2-16 02:47:58
膜体系需要用半各向同性控压,你可以看看amber官方教程的用的关键词(https://github.com/callumjd/AMBER-Membrane_protein_tutorial
具体类似这种“ntb    = 2, ntp=3, csurften=3, gamma_ten=0.0, ninterface=2, barostat = 2, taup=5.0, ”

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