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GROMACS-2025.0原生PLUMED和Colvars对比

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发布时间: 2025-2-15 14:17

正文摘要:

本帖最后由 Dempey 于 2025-3-17 08:46 编辑 GROMACS-2025.0原生PLUMED和Colvars对比注:GROMACS-2025.1已发布,修复了PLUMED的CMake代码bug,编译PLUMED接口只需一次cmake命令即可。 前言      ...

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吹梦到西洲 发表于 Post on 2025-6-3 13:41:26
请问可以给出colvar对于测试2的配置文件吗?
Dempey 发表于 Post on 2025-4-21 15:57:32
zhitengcheer 发表于 2025-4-21 15:26
谢谢博主的解答,另外我想请教,colvar已经集成到gromacs里所以不用其余额外的编译操作了对吗?

是的,cmake时默认开启
GROMACS bundles the Colvars library in its source distribution. The library and its interface with GROMACS are enabled by default when building GROMACS. This behavior may also be enabled explicitly with -DGMX_USE_COLVARS=internal. Alternatively, Colvars support may be disabled with -DGMX_USE_COLVARS=none. How to use Colvars in a GROMACS simulation is described in the User Guide, as well as in the Colvars documentation.
GROMACS Installation guide
zhitengcheer 发表于 Post on 2025-4-21 15:26:15
Dempey 发表于 2025-3-7 11:45
GROMACS的代码不包含PLUMED的部分,只是写了一些接口,实际用GROMACS跑PLUMED的时候需要PLUMED的kernel的 ...

谢谢博主的解答,另外我想请教,colvar已经集成到gromacs里所以不用其余额外的编译操作了对吗?
Dempey 发表于 Post on 2025-3-31 21:36:13
16aDream 发表于 2025-3-31 20:31
GROMACS的原生PLUMED接口是在2025才有的吗,支持update-gpu吗

原生PLUMED接口是2025以上版本才有的,之前需要plumed patch,因为PLUMED的部分是在CPU上进行的,应该是不支持update gpu的
16aDream 发表于 Post on 2025-3-31 20:31:23
GROMACS的原生PLUMED接口是在2025才有的吗,支持update-gpu吗
Dempey 发表于 Post on 2025-3-7 11:45:36
zhitengcheer 发表于 2025-3-7 11:31
使用带有PLUMED功能的GROMACS,还需要下载PLUMED的吗?博主为啥在1.2还需要安装PLUMED?

GROMACS的代码不包含PLUMED的部分,只是写了一些接口,实际用GROMACS跑PLUMED的时候需要PLUMED的kernel的库,所以要编译。
The interface will look for an environment variable PLUMED_KERNEL that should contain the path and the name of a shared object that contains the PLUMED kernel, and usually is called libPlumedKernel.so.
zhitengcheer 发表于 Post on 2025-3-7 11:31:21
使用带有PLUMED功能的GROMACS,还需要下载PLUMED的吗?博主为啥在1.2还需要安装PLUMED?
CrysW555 发表于 Post on 2025-2-17 09:29:03
为什么WT-metaD和metaD的区别如此夸张,我原来以为WT-metaD是更好的版本,几乎任何时候都可以用WT-metaD。但是根据您的结果,是否应该酌情考虑用还是不用WT
Dempey 发表于 Post on 2025-2-16 13:59:50
喵星大佬 发表于 2025-2-16 13:35
这个PLUMD可以用OPES么

应该是可以的,见GROMACS关于PLUMED的说明,只要你编译的PLUMED支持,GROMACS就能用
喵星大佬 发表于 Post on 2025-2-16 13:35:11
这个PLUMD可以用OPES么

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