关于绘制电解液中Na+和PF6-的RDF图的疑问

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发布时间: 2025-2-15 14:16

本帖最后由 spinel 于 2025-4-25 11:12 编辑各位老师好，我想通过分子动力学模拟电解液，绘制Na+和PF6-离子，以及Na+和二乙二醇二甲醚的径向分布函数（RDF）。使用的软件是Gromacs202.6。使用packmol构建盒子。 ...

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spinel 发表于 Post on 2025-2-16 11:16:26

sobereva 发表于 2025-2-16 02:34
注意看“FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？” http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
...

谢谢sob老师。我下次发帖注意。

spinel 发表于 Post on 2025-2-16 11:16:04

yxdd98 发表于 2025-2-16 00:48
PF6成键结构特殊些，可以这么做；溶剂就是典型的有机分子，没必要采取这种方式，直接用力场自带参数就好 ...

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-2-16 02:34:02

注意看“FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？” http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11

Na+更是绝对不应该用sobtop来产生拓扑信息，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

图片直接贴，不要作为附件上传

yxdd98 发表于 Post on 2025-2-16 00:48:16

spinel 发表于 2025-2-16 00:08
我是参照了sob老师的博文http://sobereva.com/635，其中用到的mol2文件，我用orca优化了溶剂的结构，然后 ...

PF6成键结构特殊些，可以这么做；溶剂就是典型的有机分子，没必要采取这种方式，直接用力场自带参数就好，除非很多参数缺失再考虑这种做法。具体的请看sobtop主页，这些情况sob老师都讲过的

spinel 发表于 Post on 2025-2-16 00:08:23

yxdd98 发表于 2025-2-15 23:14
你用sobtop产生tip文件时是选的用力场预定义参数吗，还是自己提供了文件？

我是参照了sob老师的博文http://sobereva.com/635，其中用到的mol2文件，我用orca优化了溶剂的结构，然后产生的out文件用OfakeG转化为gaussview可识别的文件，然后保存为mol2。ORCA产生的hess文件对应博文中使用的fchk文件，其他设置都和博文中一样

yxdd98 发表于 Post on 2025-2-15 23:14:47

spinel 发表于 2025-2-15 22:43
老师您好，您说的mSeminario method是指拓扑文件中的参数吗？我的itp文件全部是用sobtop产生的，是拓扑文 ...

你用sobtop产生tip文件时是选的用力场预定义参数吗，还是自己提供了文件？

spinel 发表于 Post on 2025-2-15 22:43:32

yxdd98 发表于 2025-2-15 21:35
快速看了下，你的成键项参数全是用mSeminario method产生的？可能PF6的确是需要这么做，但溶剂应该不用吧， ...

老师您好，您说的mSeminario method是指拓扑文件中的参数吗？我的itp文件全部是用sobtop产生的，是拓扑文件产生的方式不对吗？

yxdd98 发表于 Post on 2025-2-15 21:35:52

本帖最后由 yxdd98 于 2025-2-15 21:39 编辑

快速看了下，你的成键项参数全是用mSeminario method产生的？可能PF6的确是需要这么做，但溶剂应该不用吧，GAFF力场应该有预定义的，用预定义的可能会更好地展现柔性效应

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