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求助TRAVIS分析中得到CDF（combined distribution function）的问题

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守月之殇

发布时间: 2025-2-15 23:01

正文摘要:

最近阅读到金属离子的MD文献中我看到在分析完RDF后会接着分析CDF（combined distribution function），能够得到如下图所示的图，下图是文献（DOI: 10.1016/j.cplett.2017.11.056）中关于讨论锌离子和水上氧之间的CDF ...

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守月之殇 发表于 Post on 2025-2-16 09:24:43

sobereva 发表于 2025-2-16 01:07
这种事自己写个VMD tcl轨迹分析脚本就能搞定。对每一帧都计算横、纵坐标对应的几何参数，然后转化成二维概 ...

谢谢SOB老师，我尝试一下

sobereva 发表于 Post on 2025-2-16 01:07:55

这种事自己写个VMD tcl轨迹分析脚本就能搞定。对每一帧都计算横、纵坐标对应的几何参数，然后转化成二维概率分布，再画出填色图就完了，可参考下文ddtdp的用法
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

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