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请教酶催化对于Diels-Alder反应过渡态能量降低的问题

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发布时间: 2025-2-17 16:44

正文摘要:

最近在计算一个体系如下所示,nHep就是一个长链的烷基C7H15,因为要作为一个proposal呈现给老师,因此我进行了一些初步的计算 老师提出了两个问题: (1)DA的活化能36.2 kcal/mol有些过于高了,即使在酶存在 ...

回复 Reply

tonganlhy 发表于 Post on 2025-2-17 21:25:42
这个我就没有了。你先去搜一下DA酶的相关文献吧。不过有机界ms对这个酶一直不感冒,认为一般就是提供一个环境让两个分子挤到一起能够反应,就像on water一样。
wang011127 发表于 Post on 2025-2-17 21:21:44
tonganlhy 发表于 2025-2-17 18:33
水提供氢可以当路易斯酸。可能还可以通过水把两个分子拉近一点。不过这个可能性就很多了。我觉得你可以先 ...

嗯嗯我试试看,请问有没有相关详细计算方案的介绍?
wang011127 发表于 Post on 2025-2-17 21:20:58
wzkchem5 发表于 2025-2-17 18:52
可以查一下酶催化反应相比uncatalyzed反应的最大加速比是多少,应该有这方面的实验数据。然后用Eyring方 ...

好的,感谢
wzkchem5 发表于 Post on 2025-2-17 18:52:58
wang011127 发表于 2025-2-17 11:31
请问您有例子可以作为参考嘛,我也可以用这个和老师去argue一下,非常感谢

可以查一下酶催化反应相比uncatalyzed反应的最大加速比是多少,应该有这方面的实验数据。然后用Eyring方程换算成活化自由能降低多少kcal/mol
tonganlhy 发表于 Post on 2025-2-17 18:33:54
wang011127 发表于 2025-2-17 18:32
如果真的有水参与的话,请问您有什么思路可以把水分子合理安排在这个体系中吗,想请教一下,感谢!

水提供氢可以当路易斯酸。可能还可以通过水把两个分子拉近一点。不过这个可能性就很多了。我觉得你可以先搞搞残基当路易斯那个比较容易一点。
wang011127 发表于 Post on 2025-2-17 18:32:17
tonganlhy 发表于 2025-2-17 17:50
你这个是在水体系的,过渡态可能要考虑水分子参与。加残基当然是可以的,更能证明催化的必要性。

如果真的有水参与的话,请问您有什么思路可以把水分子合理安排在这个体系中吗,想请教一下,感谢!
wang011127 发表于 Post on 2025-2-17 18:31:06
wzkchem5 发表于 2025-2-17 18:17
酶催化把活化能降低15kcal/mol也并不罕见。可以实际用一个酶里常见的基团,尝试计算一下催化反应,例如用一 ...

请问您有例子可以作为参考嘛,我也可以用这个和老师去argue一下,非常感谢
wzkchem5 发表于 Post on 2025-2-17 18:17:21
酶催化把活化能降低15kcal/mol也并不罕见。可以实际用一个酶里常见的基团,尝试计算一下催化反应,例如用一个质子化的Glu或者Arg和内酯羰基氧形成氢键,看能把自由能垒降低多少
tonganlhy 发表于 Post on 2025-2-17 17:50:11
你这个是在水体系的,过渡态可能要考虑水分子参与。加残基当然是可以的,更能证明催化的必要性。

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