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求助genmixmem建膜后利用slipids力场膜平衡APL过大的问题

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NEW12138

发布时间: 2025-2-17 21:39

正文摘要:

求助genmixmem建膜后利用slipids力场膜平衡APL过大的问题我先是采用了”Optimization of Slipids Force Field Parameters Describing Headgroups of Phospholipids"这篇文献的参数跑了10 ns的Berendsen半各向 ...

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NEW12138 发表于 Post on 2025-2-22 10:25:48

sobereva 发表于 2025-2-22 08:47
不用

谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2025-2-22 08:47:07

NEW12138 发表于 2025-2-21 21:45
sob老师好，之后我又去调参数跑纯膜对照，发现是POPG没有中和离子的问题导致的。现在的模拟不会出现APL一 ...

不用

NEW12138 发表于 Post on 2025-2-21 21:45:56

sobereva 发表于 2025-2-18 14:36
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件，以其为初始结构结合当前用 ...

sob老师好，之后我又去调参数跑纯膜对照，发现是POPG没有中和离子的问题导致的。现在的模拟不会出现APL一直增大这样的问题了，谢谢老师。不过还有一个地方想请教一下，像POPG这种不饱和磷脂在模拟的时候是否需要限制双键运动防止异构呢？

NEW12138 发表于 Post on 2025-2-18 17:31:29

sobereva 发表于 2025-2-18 14:36
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件，以其为初始结构结合当前用 ...

谢谢sob老师，我是直接用的slipids官网的pdb文件，然后利用avogadro软件拉直之后建的膜。听您的建议，我再跑个单一组分的膜对比一下看看

sobereva 发表于 Post on 2025-2-18 14:36:12

http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件，以其为初始结构结合当前用的参数去跑，观察情况、通过对比找原因。单一组分的膜都模拟成功了再说混合组分的膜的事

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