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sobereva 发表于 2025-3-17 11:49
pi区域没明显差异
但氨基可能影响形成的复合物结构，需要以实际二聚体结构来说事

好的，谢谢老师

josy 发表于 2025-3-17 11:03
老师您好，我想问下从化学直觉的角度分析1,8-萘啶和1,8-萘啶-2-胺的pi-pip堆积哪个会更强一些的

pi区域没明显差异
但氨基可能影响形成的复合物结构，需要以实际二聚体结构来说事

老师您好，我想问下从化学直觉的角度分析1,8-萘啶和1,8-萘啶-2-胺的pi-pip堆积哪个会更强一些的

sobereva 发表于 2025-3-12 03:46
不是一般意义的pi-pi作用，明显那些苯环都不是彼此平行的，只能算得上是范德华作用（如果在溶剂环境下， ...

好的谢谢老师回复

Leezus7 发表于 2025-3-11 10:25
请问卢老师，这篇名为Structural insight into apelin receptor-G protein stoichiometry的文献中有提到此G ...

不是一般意义的pi-pi作用，明显那些苯环都不是彼此平行的，只能算得上是范德华作用（如果在溶剂环境下，还有疏水效应）

请问卢老师，这篇名为Structural insight into apelin receptor-G protein stoichiometry的文献中有提到此GPCR形成同源二聚体是完全依靠Figure 2F中这一区域中的共5对pi-pi相互作用维持（如图所示），且buried surface area为140平方埃，这是否合理呢？是否说明此GPCR形成二聚体是一种比较弱或者比较瞬时的现象呢？
https://www.nature.com/articles/s41594-022-00797-5#citeas

喝了假咖啡 发表于 2025-2-22 12:42
请问卢老师，有办法将疏水作用和pi-pi作用的比例计算出来吗

对于定义了非极性部分的隐式溶剂模型（比如非极性部分对溶解自由能的贡献正比于SASA），可以拿堆积前后非极性部分之差作为对疏水作用的简单估计。也可以在真空下直接计算pi-pi堆积的结合自由能，从溶剂中pi-pi堆积形成前后的自由能变化中扣除来估计疏水效应部分

请问卢老师，有办法将疏水作用和pi-pi作用的比例计算出来吗

wuil69 发表于 2025-2-19 18:44
谢谢 sob 老师。可以麻烦老师也谈谈像 pyrene / naphthalene diimide 形成的二聚体呢？

是的，我也很好奇。还有类似于萘二酰亚胺二聚体的pi-pi相互作用的强度和它们之间作用角度的关系,例如，0°，30°，45°，60°这些，能麻烦sob老师也谈谈吗？

今年年初发表的一篇JACS讨论了取代基和杂原子对于pi-pi相互作用的影响，作者认为错位的pi-pi堆积并不是由静电主导而是由色散作用和pauli互斥共同主导的。
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jacs.4c13291

给此文第4节增加了144轮烯的例子

谢谢 sob 老师。可以麻烦老师也谈谈像 pyrene / naphthalene diimide 形成的二聚体呢？