请问gromacs在添加溶剂后mof的原子类型发生改变如何解决？

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发布时间: 2025-2-19 20:47

本帖最后由 lina123 于 2025-2-19 20:47 编辑老师们好，我想用gromacs对mof在甲醇溶液中做动力学分析，首先给mof建立盒子，然后添加溶剂。mof放到盒子里时是正确的，但是添加溶剂后Ni变成了I（添加50个甲醇）或 ...

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lina123 发表于 Post on 2025-2-21 09:06:37

sobereva 发表于 2025-2-20 14:28
pdb文件根本不体现原子类型，只体现原子名和元素

要看用VMD看，gromacs的用户谁用M$看结构，此行为极 ...

好的，感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2025-2-20 14:28:06

lina123 发表于 2025-2-20 08:57
老师我是使用的gmx insert-molecules，添加后pdb文件中的原子类型就发生改变，只是用M$进行了查看，命令 ...

pdb文件根本不体现原子类型，只体现原子名和元素

要看用VMD看，gromacs的用户谁用M$看结构，此行为极其非主流

lina123 发表于 Post on 2025-2-20 08:57:49

本帖最后由 lina123 于 2025-2-20 09:00 编辑

sobereva 发表于 2025-2-19 21:01
用gmx solvate或gmx insert-molecules或packmol添加，甭用M$

老师我是使用的gmx insert-molecules，添加后pdb文件中的原子类型就发生改变，只是用M$进行了查看，命令为gmx insert-molecules -f mofbox.pdb -ci methanol.pdb -o solv50.pdb -nmol 50

sobereva 发表于 Post on 2025-2-19 21:01:50

用gmx solvate或gmx insert-molecules或packmol添加，甭用M$

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