计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

GFN2优化后质子化部分断裂是怎么回事

查看数: 350 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2025-2-21 11:08

正文摘要:

在弱碱下赖氨酸侧链的氨基是质子化的,但是GFN2-xtb opt后NH3+断裂,脱离了分子,还有质子化的H也脱离NH2 是怎么回事

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-2-25 12:06:29
milk_q 发表于 2025-2-24 21:19
sob老师,原子数目比较多,用PM6D3 opt 净电荷设置是4,刚开始就提示失败 Berny optimization.
FormGI  ...

观看优化轨迹判断情况。如果中途出现了三个原子排成直线,用笛卡尔坐标优化,或者改用MOPAC或xtb(强烈建议改用,对不小的体系优化速度远比Gaussian做半经验计算快得多,而且还没这种问题)

此外,实际处在水环境下的话,对于这样带电荷的体系必须带着溶剂模型计算
milk_q 发表于 Post on 2025-2-24 21:19:42
sobereva 发表于 2025-2-21 11:26
如果没带溶剂模型,带上溶剂模型
并且确保净电荷设置正确、初始结构合理
如果确认是理论方法的问题,换其 ...

sob老师,原子数目比较多,用PM6D3 opt 净电荷设置是4,刚开始就提示失败 Berny optimization.
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
NTrRot=    -1 NTRed=  3186 NAtoms=   580 NSkip=  1452 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in
sobereva 发表于 Post on 2025-2-21 11:26:31
如果没带溶剂模型,带上溶剂模型
并且确保净电荷设置正确、初始结构合理
如果确认是理论方法的问题,换其他的,如Gaussian里的PM6D3、MOPAC里的PM6-D3H4X等

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 20:40 , Processed in 0.157745 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list