Newbee_Ccc 发表于 2025-4-17 17:09 先得到一个过渡态，然后用crest来构像搜索，把过渡态中成键的键长固定，用最简单的crest命令做就行，做出来效果还不错，选crest_best在def2svp下优化（也是限制性的），然后对这个结果放开限制搜索过渡态就行，和用molclus批量算出来的最优构象差不多，最终的结果就是长链的烷基弯折了，有明显的范德华作用 |
Newbee_Ccc 发表于 2025-4-17 17:09 Molclus FAQ http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html） 专门说了对过渡态做构象搜索的方法 |
wang011127 发表于 2025-2-22 13:24 我也遇到了同样的问题，小分子有较长侧链，我现在是尝试用fix过度态中DA反应成环的原子，然后用crest进行构象搜索。还不清楚后续会怎样。不知道楼主是否有解决 |
sobereva 发表于 2025-2-22 08:55 请问卢老师，把氢原子换成甲基对过渡态搜索的影响大不大呢。 对NMA(N-甲基甲酰胺)单水合物，想要的过渡态很容易就找到，但对类似结构的DMF(N,N-二甲基甲酰胺)单水合物，想要的过渡态始终找不到。之前求助的帖子链接在下面。 《求助DMF甲基内旋与水跳跃运动耦合的过渡态寻找》http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 51280&fromuid=55915 (出处: 计算化学公社) |
| 这个方法似乎不是很有必要，有类似的文章这么做吗？不如通过构象搜索先找找反应物有哪些比较稳定的构象，再对这几个构象分别找过渡态？ |
本帖最后由 wang011127 于 2025-2-22 13:31 编辑 sobereva 发表于 2025-2-22 08:55 请问sob老师如何判断长链烷基对于过渡态的作用的？如果只是想对这样的体系做过渡态构型优化，使用xtb配合constrain命令是否可行？ md.inp $constrain atoms: 1-6,66,69 //将反应的（4+2）部分固定 $end $md temp= 400 time= 300.0 dump= 50.0 step= 1.0 hmass=1 shake=1 $end |
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侧链构象对当前反应的研究不会构成什么影响，甚至为了简化计算，把烃链截短成甲基都是完全可以接受的。 倘若把烃链的构象问题考虑进去，还会使得反应的势能面变得复杂，造成零七八碎的不重要的极小点出现 |
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好的，感谢！有问题我再咨询您~ |
本帖最后由 Solitude198 于 2025-2-21 22:02 编辑 wang011127 发表于 2025-2-21 21:24 确实说过 虽然Grimme也搞了个名为crest的利用xtb跑metadynamics的构象搜索工具，但从实效上看并不比本文的做法更有任何优势，过程也不像本文做法那么透明和可控，且最终也还是得借助Molclus用更高级别来refine才行，所以我不认为crest有多大实际使用价值。 有本文读者问及用crest做metadynamics如何，前文里已经说了，有这个没有什么实际好处。笔者也实际试了一下，非常令人失望： Q21：怎么对过渡态做构象搜索？ 不过crest的输出文件中还是具体给出了动力学模拟的参数的 ::::::::::::: starting MTD 13 ::::::::::::: | MD simulation time : 16.0 ps | | target T : 300.0 K | | timestep dt : 5.0 fs | | dump interval(trj) : 100.0 fs | | SHAKE algorithm : true (all bonds) | | dump interval(Vbias) : 1.00 ps | | Vbias prefactor (k) : 0.0840 Eh | | Vbias exponent (α) : 0.1000 bohr⁻² | ::::::::::::: starting MTD 11 ::::::::::::: | MD simulation time : 16.0 ps | | target T : 300.0 K | | timestep dt : 5.0 fs | | dump interval(trj) : 100.0 fs | | SHAKE algorithm : true (all bonds) | | dump interval(Vbias) : 1.00 ps | | Vbias prefactor (k) : 0.1260 Eh | | Vbias exponent (α) : 0.2808 bohr⁻² | :::::::::::::: starting MD 8 :::::::::::::: | MD simulation time : 8.0 ps | | target T : 500.0 K | | timestep dt : 5.0 fs | | dump interval(trj) : 100.0 fs | | SHAKE algorithm : true (all bonds) | :::::::::::::: starting MD 1 :::::::::::::: | MD simulation time : 8.0 ps | | target T : 400.0 K | | timestep dt : 5.0 fs | | dump interval(trj) : 100.0 fs | | SHAKE algorithm : true (all bonds) | :::::::::::::: starting MD 2 :::::::::::::: | MD simulation time : 8.0 ps | | target T : 400.0 K | | timestep dt : 5.0 fs | | dump interval(trj) : 100.0 fs | | SHAKE algorithm : true (all bonds) | :::::::::::::: starting MD 3 :::::::::::::: | MD simulation time : 8.0 ps | | target T : 400.0 K | | timestep dt : 5.0 fs | | dump interval(trj) : 100.0 fs | | SHAKE algorithm : true (all bonds) | :::::::::::::: starting MD 4 :::::::::::::: | MD simulation time : 8.0 ps | | target T : 400.0 K | | timestep dt : 5.0 fs | | dump interval(trj) : 100.0 fs | | SHAKE algorithm : true (all bonds) | 温度和模拟时间相对sob老师的参数确有差异 |
Solitude198 发表于 2025-2-21 21:23 我印象中sob老师好像说crest不太靠谱？虽然我看过一些文章也用了crest |
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crest可以做限制性构象搜索，类似于xtb https://crest-lab.github.io/cres ... ples/example_4.html |
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