一个MOF结构运行一开始崩溃出现非键作用warinng提示如何解决

查看数: 233 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2025-2-23 19:15

一个MOF结构，含有Co,N,C,H,O元素，已用cp2k先进行了结构优化，使用sobtop参考MOF-5的方式生成了GROMACS的输入文件，运行一开始就崩溃，出现了如下warning，尝试了很多办法包括计算hessians生产力常数也无法运行。本 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-2-24 12:59:26

Wu_Peng 发表于 2025-2-24 12:35
非常感谢sob老师的回复，按照您的建议进行了尝试，完美的解决了出现的问题，根据hessian补充缺失参数时， ...

不好一概而论。这类研究的文章多得很，参考近些年的类似情况研究的文章用的模型

一般情况设1.0 nm，原理上和用的力场原文里的设置一致最好

可以做拉伸动力学（用pull设置）

sobereva 发表于 Post on 2025-2-23 19:56:56

盒子太小，拿这么小结构做MD根本没意义
必须先扩胞。而且非键作用截断在那么短距离太荒唐了，periodic-molecules也没设yes。并且确保跨盒子的键对应的bond项都出现了

更多信息看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register