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带正电的体系能量最小化失败

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milk_q

发布时间: 2025-2-24 19:57

正文摘要:

体系中有多个NH3+，但没有负电，整体带40+电荷，能量最小化提示： WARNING 1 [file PPP6-Dex2.top, line 14]: You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can &nb ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-2-25 11:58:57

用PME这种考虑无穷远距离静电相互作用的方法需要体系净电荷为0，显然应该用gmx genion加抗衡离子（或者自己补上体系中本该存在而没考虑的阴离子）使得净电荷为0，这是基本gromacs使用常识

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